PDB-2kvl: NMR structure of the C-terminal domain of VP7

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2kvl

タイトル

NMR structure of the C-terminal domain of VP7

要素

Major outer capsid protein VP7

キーワード

VIRAL PROTEIN / Capsid protein / Host endoplasmic reticulum / Virion / C terminal domain / membrane destabilisation

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell endoplasmic reticulum lumen / T=13 icosahedral viral capsid / viral outer capsid / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Human rotavirus A (ウイルス)

手法

溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing

データ登録者

Elaid, S. / Libersou, S. / Lepault, J. / Morellet, N. / Bouaziz, S.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR structure of the C-terminal domain of VP7
著者: Elaid, S. / Libersou, S. / Lepault, J. / Morellet, N. / Bouaziz, S.

履歴

登録	2010年3月17日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2kvl.cif.gz	205.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2kvl.ent.gz	169 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2kvl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2kvl_validation.pdf.gz	353.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2kvl_full_validation.pdf.gz	425.6 KB	表示
XML形式データ	2kvl_validation.xml.gz	16 KB	表示
CIF形式データ	2kvl_validation.cif.gz	23.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/2kvl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/2kvl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2n4h-d 5mwb-d 4pxj-2 3irj-d 5ajs-2 5ajs-1 5c9n-d 1t3j-1 1uii-d 4jzl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Major outer capsid protein VP7

7.34 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	minimized average

#1: タンパク質	Major outer capsid protein VP7 分子量: 7341.409 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 合成詳細: The peptide synthesized by automated solid phase using Fmoc strategy and purified by reverse phase HPLC 由来: (合成) Human rotavirus A (ウイルス) / 参照: UniProt: Q6SKR8

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H NOESY
1	2	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	2D 1H-1H COSY

-
試料調製

詳細

内容: 1 mM VP7 Cter domain, 1 v/v CD3OH/CDCl3 methanol/chloroform, CDCl3/CD3OH
溶媒系: CDCl3/CD3OH

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1 mM	VP7 Cter domain		1
1 v/v	methanol/chloroform	CD3OH/CDCl3	1

試料状態

圧: ambient / 温度: 293 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Sparky	3.113	Goddard	chemical shift assignment
Sparky	3.113	Goddard	peak picking
TopSpin	1.3	Bruker Biospin	解析

精密化

手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 765 / NOE intraresidue total count: 363 / NOE long range total count: 0 / NOE medium range total count: 145 / NOE sequential total count: 159 / Hydrogen bond constraints total count: 2

代表構造

選択基準: minimized average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0 Å

NMR ensemble rms

Distance rms dev: 0.00127 Å / Distance rms dev error: 5.8E-5 Å

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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