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万見
- PDB-2kv7: NMR solution structure of a soluble PrgI mutant from Salmonella T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kv7
タイトルNMR solution structure of a soluble PrgI mutant from Salmonella Typhimurium
要素Protein prgI
キーワードPROTEIN TRANSPORT / PrgI / bacterial pathogenesis / type three secretion needle / needle protomer / Transport / Virulence
機能・相同性
機能・相同性情報


type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / cell surface / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Type III secretion, needle-protein-like / Type III secretion, needle-protein-like superfamily / Type III secretion needle MxiH, YscF, SsaG, EprI, PscF, EscF / Type III secretion system, needle protein
類似検索 - ドメイン・相同性
SPI-1 type 3 secretion system needle filament protein
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Schmidt, H. / Poyraz, O. / Seidel, K. / Delissen, F. / Ader, C. / Tenenboim, H. / Goosmann, C. / Laube, B. / Thuenemann, A.F. / Zychlinski, A. ...Schmidt, H. / Poyraz, O. / Seidel, K. / Delissen, F. / Ader, C. / Tenenboim, H. / Goosmann, C. / Laube, B. / Thuenemann, A.F. / Zychlinski, A. / Baldus, M. / Lange, A. / Griesinger, C. / Kolbe, M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Protein refolding is required for assembly of the type three secretion needle.
著者: Poyraz, O. / Schmidt, H. / Seidel, K. / Delissen, F. / Ader, C. / Tenenboim, H. / Goosmann, C. / Laube, B. / Thunemann, A.F. / Zychlinsky, A. / Baldus, M. / Lange, A. / Griesinger, C. / Kolbe, M.
履歴
登録2010年3月9日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年12月18日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein prgI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0911
ポリマ－9,0911
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Protein prgI


分子量: 9091.037 Da / 分子数: 1 / 変異: V68A, V70A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: SL1344 / 遺伝子: prgI, STM2873 / Variant: enterica serovar / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: P41784

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: NMR solution structure of a functional full length PrgI mutant of the S. thyphimurium Type Three Secretion System
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1323D HN(CA)CB
1423D HNCA
1523D CBCA(CO)NH
1623D HNCO
1723D (H)CCH-COSY
1823D (H)CCH-TOCSY
1913D 1H-15N NOESY
11023D 1H-13C NOESY
11112D 1H-15N TROSY
11212D 1H-15N COCAINE
11332D 1H-15N TROSY
11432D 1H-15N COCAINE

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.3 mM [U-100% 15N] PrgI*-1, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
20.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PrgI*-2, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
30.3 mM [U-100% 15N] PrgI*-3, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.3 mMPrgI*-1[U-100% 15N]1
0.3 mMPrgI*-2[U-100% 13C; U-100% 15N]2
0.3 mMPrgI*-3[U-100% 15N]3
試料状態イオン強度: 20 / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 283 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002
Bruker AvanceBrukerAVANCE7003
Bruker AvanceBrukerAVANCE6004
Bruker AvanceBrukerAVANCE6005

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
AtnosCandidHerrmann, Guntert and Wuthrichpeak picking
AtnosCandidHerrmann, Guntert and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: XPLOR-NIH simulated annealing using 36 RDCs
NMR constraintsNOE constraints total: 837 / NOE intraresidue total count: 262 / NOE long range total count: 88 / NOE medium range total count: 188 / NOE sequential total count: 299
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 0.42 °
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 25 / Maximum torsion angle constraint violation: 4.04 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.4 Å / 代表コンフォーマー: 1
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.03 Å / Distance rms dev error: 0.001 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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