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万見
- PDB-2kuo: Structure and identification of ADP-ribose recognition motifs of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kuo
タイトルStructure and identification of ADP-ribose recognition motifs of APLF and role in the DNA damage response
要素Aprataxin and PNK-like factor
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / aprataxin PNK-like factor (APLF) / poly ADP-ribose (PAR) / PAR-binding zinc finger (PBZ) / DNA damage / ADP-ribose / ADP-ribosylation / DNA repair / Metal-binding / Nucleotide-binding / Nucleus / Zinc / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of isotype switching / poly-ADP-D-ribose binding / histone chaperone activity / regulation of epithelial to mesenchymal transition / single strand break repair / DNA repair-dependent chromatin remodeling / site of DNA damage / protein localization to chromatin / 3'-5' exonuclease activity ...ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of isotype switching / poly-ADP-D-ribose binding / histone chaperone activity / regulation of epithelial to mesenchymal transition / single strand break repair / DNA repair-dependent chromatin remodeling / site of DNA damage / protein localization to chromatin / 3'-5' exonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / embryo implantation / protein folding chaperone / DNA endonuclease activity / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / site of double-strand break / histone binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / nucleotide binding / DNA damage response / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aprataxin and PNK-like factor, PBZ domain / Aprataxin and PNK-like factor / PBZ domain / PNK, FHA domain / FHA domain / SMAD/FHA domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Aprataxin and PNK-like factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
データ登録者Li, G.Y. / McCulloch, R.D. / Fenton, A. / Cheung, M. / Meng, L. / Ikura, M. / Koch, C.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure and identification of ADP-ribose recognition motifs of aprataxin PNK-like factor (APLF) required for the interaction with sites of DNA damage response
著者: Li, G.Y. / McCulloch, R.D. / Fenton, A. / Cheung, M. / Meng, L. / Ikura, M. / Koch, C.A.
履歴
登録2010年2月23日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aprataxin and PNK-like factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4033
ポリマ－10,2721
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Aprataxin and PNK-like factor / Apurinic-apyrimidinic endonuclease APLF / PNK and APTX-like FHA domain-containing protein / XRCC1- ...Apurinic-apyrimidinic endonuclease APLF / PNK and APTX-like FHA domain-containing protein / XRCC1-interacting protein 1


分子量: 10272.325 Da / 分子数: 1 / 断片: APLF TZF / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APLF, APLF(C2orf13), C2orf13, PALF, XIP1 / プラスミド: pGEX4T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: Q8IW19
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1322D 1H-1H NOESY
1413D CBCA(CO)NH
1513D HN(CA)CB
1613D HBHA(CO)NH
1713D H(CCO)NH
1813D C(CO)NH
1923D (H)CCH-TOCSY
11013D (H)CCH-COSY
11113D 1H-15N NOESY
11223D 1H-13C NOESY
31352D 1H-15N IPAP HSQC
11432D 1H-15N HSQC
21542D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5-0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] APLF Tandem ZF, 20 mM Bis-tris, 50 mM sodium chloride, 1 mM sodium azide, 0.05 mM zinc chloride, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
20.5-0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] APLF Tandem ZF, 20 mM Bis-tris, 50 mM sodium chloride, 1 mM sodium azide, 0.05 mM zinc chloride, 99% D2O99% D2O
30.1 mM [U-100% 15N] APLF Tandem ZF, 20 mM Bis-tris, 50 mM sodium chloride, 1 mM sodium azide, 0.05 mM zinc chloride, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
40.1 mM [U-100% 15N] APLF Tandem ZF, 20 mM sodium phosphate, 150 mM potassium chloride, 1 mM sodium azide, 0.05 mM zinc chloride, 2 mM magnesium chloride, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
50.5 mM [U-100% 15N] APLF Tandem ZF, 20 mM Bis-tris, 500 mM sodium chloride, 1 mM sodium azide, 0.05 mM zinc chloride, 10 mg/mL Pf1 phage, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMAPLF Tandem ZF[U-100% 13C; U-100% 15N]0.5-0.81
20 mMBis-tris1
50 mMsodium chloride1
1 mMsodium azide1
0.05 mMzinc chloride1
mMAPLF Tandem ZF[U-100% 13C; U-100% 15N]0.5-0.82
20 mMBis-tris2
50 mMsodium chloride2
1 mMsodium azide2
0.05 mMzinc chloride2
0.1 mMAPLF Tandem ZF[U-100% 15N]3
20 mMBis-tris3
50 mMsodium chloride3
1 mMsodium azide3
0.05 mMzinc chloride3
0.1 mMAPLF Tandem ZF[U-100% 15N]4
20 mMsodium phosphate4
150 mMpotassium chloride4
1 mMsodium azide4
0.05 mMzinc chloride4
2 mMmagnesium chloride4
0.5 mMAPLF Tandem ZF[U-100% 15N]5
20 mMBis-tris5
500 mMsodium chloride5
1 mMsodium azide5
0.05 mMzinc chloride5
10 mg/mLPf1 phage5
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1506ambient 298 K
21507.4ambient 298 K
35006ambient 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, P. et al.構造決定
CNS1.1Brunger, A. et al.精密化
MOLMOL2kKoradi, R. et al.データ解析
NMRPipeDelaglio, F. et al.解析
TALOSCornilescu, G. et al.chemical shift based dihedral angle calculation
TopSpinBruker Biospincollection
XEASYBartels, C. et al.peak picking
XEASYBartels, C. et al.chemical shift assignment
XEASYBartels, C. et al.データ解析
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: CYANA, CNS
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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