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万見
- PDB-2ktt: Solution Structure of a Covalently Bound Pyrrolo[2,1-c][1,4]benzo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ktt
タイトルSolution Structure of a Covalently Bound Pyrrolo[2,1-c][1,4]benzodiazepine-Benzimidazole Hybrid to a 10mer DNA Duplex
要素5'-D(*AP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*T)-3'
キーワードDNA / DNA duplex / Pyrrolobenzodiazepine / PBD-benzimidazole hybrid / DNA-drug complex
機能・相同性Chem-PBH / DNA
機能・相同性情報
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Rettig, M. / Weingarth, M. / Langel, W. / Kamal, A. / Kumar, P.P. / Weisz, K.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Solution structure of a covalently bound pyrrolo[2,1-c][1,4]benzodiazepine-benzimidazole hybrid to a 10mer DNA duplex.
著者: Rettig, M. / Weingarth, M. / Langel, W. / Kamal, A. / Kumar, P.P. / Weisz, K.
履歴
登録2010年2月8日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*AP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*T)-3'
B: 5'-D(*AP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6833
ポリマ－6,0862
非ポリマー5971
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)4 / 15000representative conformers of clusters
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*T)-3'


分子量: 3043.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-PBH / (11aS)-7-methoxy-8-(3-{4-[6-(4-methylpiperazin-1-yl)-1H-benzimidazol-2-yl]phenoxy}propoxy)-1,2,3,10,11,11a-hexahydro-5H-pyrrolo[2,1-c][1,4]benzodiazepin-5-one


分子量: 596.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H40N6O4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1212D DQF-COSY
1312D 1H-1H TOCSY
2422D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM DNA (5'-D(*AP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*T)-3')-1, 1 mM Pyrrolo[2,1-c][1,4]benzodiazepine-Benzimidazole Hybrid-2, 100 mM NaCl-3, 20 mM PO4-4, 100% D2O100% D2O
21 mM DNA (5'-D(*AP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*T)-3')-5, 1 mM Pyrrolo[2,1-c][1,4]benzodiazepine-Benzimidazole Hybrid-6, 100 mM NaCl-7, 20 mM PO4-8, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
1 mMDNA1
1 mMPyrrolo[2,1-c][1,4]benzodiazepine-Benzimidazole Hybrid-21
100 mMNaCl-31
20 mMPO4-41
1 mMDNA2
1 mMPyrrolo[2,1-c][1,4]benzodiazepine-Benzimidazole Hybrid-62
100 mMNaCl-72
20 mMPO4-82
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.287ambient 295 K
20.287ambient 283 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software名称: Amber / バージョン: 9
開発者: Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo and Kollm
分類: 精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: representative conformers of clusters
計算したコンフォーマーの数: 15000 / 登録したコンフォーマーの数: 4 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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