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- PDB-2ktd: Solution structure of mouse lipocalin-type prostaglandin D syntha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ktd
タイトルSolution structure of mouse lipocalin-type prostaglandin D synthase / substrate analog (U-46619) complex
要素Prostaglandin-H2 D-isomerase
キーワードISOMERASE / lipocalin-type prostaglandin D synthase / L-PGDS / Prostaglandin H2 / Prostaglandin D2 / U-46619 / lipocalin / Disulfide bond / Endoplasmic reticulum / Fatty acid biosynthesis / Glycoprotein / Golgi apparatus / Lipid synthesis / Nucleus / Prostaglandin biosynthesis / Pyrrolidone carboxylic acid / Secreted / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin-D synthase / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / retinoid binding / prostaglandin biosynthetic process / mast cell degranulation / rough endoplasmic reticulum / response to glucocorticoid ...prostaglandin-D synthase / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / retinoid binding / prostaglandin biosynthetic process / mast cell degranulation / rough endoplasmic reticulum / response to glucocorticoid / fatty acid binding / gene expression / nuclear membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PUC / Prostaglandin-H2 D-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Shimamoto, S. / Maruo, H. / Yoshida, T. / Kato, N. / Ohkubo, T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structure of Lipocalin-type Prostaglandin D synthase / Substrate analog complex reveals Open-Closed Conformational Change required for Substrate Recognition
著者: Shimamoto, S. / Maruo, H. / Yoshida, T. / Inui, T. / Miyamoto, Y. / Kobayashi, Y. / Tsurumura, T. / Aritake, K. / Urade, Y. / Ohkubo, T.
履歴
登録2010年1月27日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin-H2 D-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9362
ポリマ－18,5861
非ポリマー3501
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 1500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Prostaglandin-H2 D-isomerase / Lipocalin-type prostaglandin-D synthase / Glutathione-independent PGD synthetase / Prostaglandin-D2 ...Lipocalin-type prostaglandin-D synthase / Glutathione-independent PGD synthetase / Prostaglandin-D2 synthase / PGD2 synthase / PGDS2 / PGDS


分子量: 18585.795 Da / 分子数: 1 / 変異: C89A,C186A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ptgds / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O09114, prostaglandin-D synthase
#2: 化合物 ChemComp-PUC / (5Z)-7-{(1R,4S,5S,6R)-6-[(1E,3S)-3-hydroxyoct-1-en-1-yl]-2-oxabicyclo[2.2.1]hept-5-yl}hept-5-enoic acid / 15-Hydroxy-11 alpha,9 alpha-(epoxymethano)prosta-5,13-dienoic Acid / U-46619


分子量: 350.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H34O4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1223D HN(CA)CB
1323D CBCA(CO)NH
1423D (H)CCH-TOCSY
1513D 1H-15N NOESY
1623D 1H-13C NOESY
1723D HBHA(CO)NH

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0mM [U-15N] protein; 1.5mM 15-hydroxy-11alpha,9alpha-(epoxymethano)prosta-5,13-dienoic acid; 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.0mM [U-13C; U-15N] protein; 1.5mM 15-hydroxy-11alpha,9alpha-(epoxymethano)prosta-5,13-dienoic acid; 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMentity_1-1[U-15N]1
1.5 mM15-hydroxy-11alpha,9alpha-(epoxymethano)prosta-5,13-dienoic acid-21
1.0 mMentity_1-3[U-13C; U-15N]2
1.5 mM15-hydroxy-11alpha,9alpha-(epoxymethano)prosta-5,13-dienoic acid-42
試料状態pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 300.5 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readgeometry optimization
CNS精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1500 / 登録したコンフォーマーの数: 15 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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