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万見
- PDB-2ksy: Solution nmr structure of sensory rhodopsin II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ksy
タイトルSolution nmr structure of sensory rhodopsin II
要素Sensory rhodopsin II
キーワードMEMBRANE PROTEIN / membrane proteins / NMR spectroscopy / receptors / structure elucidation / transmembrane
機能・相同性Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha / RETINAL / :
機能・相同性情報
生物種Natronomonas pharaonis (古細菌)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing, molecular dynamics
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Gautier, A. / Mott, H.R. / Bostock, M.J. / Kirkpatrick, J.P. / Nietlispach, D.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure determination of the seven-helix transmembrane receptor sensory rhodopsin II by solution NMR spectroscopy.
著者: Gautier, A. / Mott, H.R. / Bostock, M.J. / Kirkpatrick, J.P. / Nietlispach, D.
履歴
登録2010年1月14日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年6月10日Group: Non-polymer description / Structure summary
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensory rhodopsin II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7402
ポリマ－26,4561
非ポリマー2841
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Sensory rhodopsin II


分子量: 26455.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Natronomonas pharaonis (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3IMZ8
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細LIGAND LYR IS LYSINE_RETINAL

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1333D HNCA
1433D HN(CO)CA
1533D HNCO
1633D HN(CA)CO
1733D HN(CA)CB
1833D HN(COCA)CB
1913D 1H-15N NOESY
11023D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-100% 15N] SENSORY RHODOPSIN II-1, 50 mM sodium chloride-2, 50 mM sodium phosphate-3, 0.05 % sodium azide-4, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SENSORY RHODOPSIN II-5, 50 mM sodium chloride-6, 50 mM sodium phosphate-7, 0.05 % sodium azide-8, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.5 mM [U-13C; U-15N; U-2H] SENSORY RHODOPSIN II-9, 50 mM sodium chloride-10, 50 mM sodium phosphate-11, 0.05 % sodium azide-12, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMSENSORY RHODOPSIN II-1[U-100% 15N]1
50 mMsodium chloride-21
50 mMsodium phosphate-31
0.05 %sodium azide-41
0.5 mMSENSORY RHODOPSIN II-5[U-100% 13C; U-100% 15N]2
50 mMsodium chloride-62
50 mMsodium phosphate-72
0.05 %sodium azide-82
0.5 mMSENSORY RHODOPSIN II-9[U-13C; U-15N; U-2H]3
50 mMsodium chloride-103
50 mMsodium phosphate-113
0.05 %sodium azide-123
試料状態イオン強度: 20 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 323 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX8001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift calculation
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
AzaraBoucher解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxtorsion angle prediction
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing, molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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