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万見
- PDB-2kss: NMR structure of Myxococcus xanthus antirepressor CarS1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kss
タイトルNMR structure of Myxococcus xanthus antirepressor CarS1
要素Carotenogenesis protein carS
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / protein / antirepressor / Activator / Carotenoid biosynthesis / Transcription / Transcription regulation
機能・相同性SH3 type barrels. - #630 / Antirepressor CarS / CarS, SH3 domain / CarS bacterial SH3 domain / carotenoid biosynthetic process / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta / Antirepressor protein CarS
機能・相同性情報
生物種Myxococcus xanthus (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Jimenez, M. / Gonzalez, C. / Padmanabhan, S. / Leon, E. / Navarro-Aviles, G. / Elias-Arnanz, M.
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010
タイトル: A bacterial antirepressor with SH3 domain topology mimics operator DNA in sequestering the repressor DNA recognition helix.
著者: Leon, E. / Navarro-Aviles, G. / Santiveri, C.M. / Flores-Flores, C. / Rico, M. / Gonzalez, C. / Murillo, F.J. / Elias-Arnanz, M. / Jimenez, M.A. / Padmanabhan, S.
#1: ジャーナル: BIOMOL.NMR ASSIGN. / 年: 2009
タイトル: 1H, 13C, 15N backbone and side chain resonance assignments of a Myxococcus xanthus antirepressor with no known sequence homologues
著者: Leon, E. / Navarro-Aviles, G. / Flores, C. / Elias-Arnanz, M. / Gonzalez, C. / Jimenez, M. / Padmanabhan, S.
履歴
登録2010年1月13日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carotenogenesis protein carS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4891
ポリマ－11,4891
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Carotenogenesis protein carS


分子量: 11488.879 Da / 分子数: 1 / 断片: CarS1 (UNP residues 1-86) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Myxococcus xanthus (バクテリア) / 遺伝子: carS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06911

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCANH
1313D CBCA(CO)NH
1413D HNCA
1513D HNCO
1613D HBHANH
1713D HA(CA)NH
1813D (H)CCH-TOCSY
1913D 1H-13C NOESY
11022D 1H-13C HSQC
11123D (H)CCH-TOCSY
11223D 1H-13C NOESY
11332D 1H-15N HSQC
11433D HNHA
11533D 1H-15N NOESY
11642D 1H-1H COSY
11742D 1H-1H TOCSY
11842D 1H-1H NOESY
11952D 1H-1H COSY
12052D 1H-1H TOCSY
12152D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CarS1, 90 % H2O, 10 % [U-99% 2H] D2O, 50 mM sodium phosphate, 1 mM DTT, 0.1 mM sodium azide, 0.2 mM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CarS1, 100 % [U-99% 2H] D2O, 50 mM sodium phosphate, 1 mM DTT, 0.1 mM sodium azide, 0.2 mM DSS, 100% D2O100% D2O
31 mM [U-100% 15N] CarS1, 90 % H2O, 10 % [U-99% 2H] D2O, 50 mM sodium phosphate, 1 mM DTT, 0.1 mM sodium azide, 0.2 mM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
41 mM CarS1, 90 % H2O, 10 % [U-99% 2H] D2O, 50 mM sodium phosphate, 1 mM DTT, 0.1 mM sodium azide, 0.2 mM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
51 mM CarS1, 100 % [U-99% 2H] D2O, 50 mM sodium phosphate, 1 mM DTT, 0.1 mM sodium azide, 0.2 mM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMCarS1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
90 %H2O1
10 %D2O[U-99% 2H]1
50 mMsodium phosphate1
1 mMDTT1
0.1 mMsodium azide1
0.2 mMDSS1
1 mMCarS1[U-100% 13C; U-100% 15N]2
100 %D2O[U-99% 2H]2
50 mMsodium phosphate2
1 mMDTT2
0.1 mMsodium azide2
0.2 mMDSS2
1 mMCarS1[U-100% 15N]3
90 %H2O3
10 %D2O[U-99% 2H]3
50 mMsodium phosphate3
1 mMDTT3
0.1 mMsodium azide3
0.2 mMDSS3
1 mMCarS14
90 %H2O4
10 %D2O[U-99% 2H]4
50 mMsodium phosphate4
1 mMDTT4
0.1 mMsodium azide4
0.2 mMDSS4
1 mMCarS15
100 %D2O[U-99% 2H]5
50 mMsodium phosphate5
1 mMDTT5
0.1 mMsodium azide5
0.2 mMDSS5
試料状態イオン強度: 50 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298.4 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
SparkyGoddardchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxdihedral angle restraints
TopSpinBruker Biospin解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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