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- PDB-5l20: Crystal Structure of a Clostripain (BT_0727) from Bacteroides the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l20
タイトルCrystal Structure of a Clostripain (BT_0727) from Bacteroides thetaiotaomicron ATCC 29148 in Complex with Peptide Inhibitor BTN-VLTK-AOMK
要素
  • (Clostripain-related protein) x 2
  • Peptide Inhibitor BTN-VLTK-AOMK
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Clostripain / peptidase / microbiome / inhibitor / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性Peptidase C11, clostripain / Clostripain family / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Peptide Inhibitor BTN-VLTK-AOMK / Clostripain-related protein
機能・相同性情報
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Wolan, D.W. / Roncase, E.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)3U54GM094586-03S1 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a Clostripain (BT_0727) from Bacteroides thetaiotaomicron ATCC 29148 in Complex with Peptide Inhibitor BTN-VLTK-AOMK
著者: Wolan, D.W. / Roncase, E.J.
履歴
登録2016年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Clostripain-related protein
B: Clostripain-related protein
C: Peptide Inhibitor BTN-VLTK-AOMK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1073
ポリマ－43,1073
非ポリマー00
水7,945441
1
A: Clostripain-related protein
C: Peptide Inhibitor BTN-VLTK-AOMK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1402
ポリマ－17,1402
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Clostripain-related protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9671
ポリマ－25,9671
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.207, 102.885, 84.186
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-745-

HOH

21B-781-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Clostripain-related protein


分子量: 16455.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_0727 / プラスミド: pET23b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: Q8A9T8
#2: タンパク質 Clostripain-related protein


分子量: 25966.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_0727 / プラスミド: pET23b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: Q8A9T8
#3: タンパク質・ペプチド Peptide Inhibitor BTN-VLTK-AOMK


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 683.903 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: Peptide Inhibitor BTN-VLTK-AOMK
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 441 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細the protein is physically cleaved after Arginine 172

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.17 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1M Na Citrate, 30% PEG 6000, 2M LiCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月27日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→43.9 Å / Num. obs: 54597 / % possible obs: 88.95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 13.44 Å2 / CC1/2: 0.957 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.561 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / CC1/2: 0.774 / % possible all: 44

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化解像度: 1.45→43.9 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.56
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.179 2729 5 %random selection
Rwork0.1498 ---
obs0.1513 54597 88.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→43.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2704 0 0 441 3145
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112804
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2993826
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6991000
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055434
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007483
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4479-1.47420.2794700.24461341X-RAY DIFFRACTION44
1.4742-1.50260.2347840.22331636X-RAY DIFFRACTION54
1.5026-1.53320.2184900.2071932X-RAY DIFFRACTION63
1.5332-1.56660.21351340.18032270X-RAY DIFFRACTION75
1.5666-1.6030.20021520.17792740X-RAY DIFFRACTION91
1.603-1.64310.20371630.1732942X-RAY DIFFRACTION97
1.6431-1.68750.20561570.16742945X-RAY DIFFRACTION97
1.6875-1.73720.21031670.16512929X-RAY DIFFRACTION97
1.7372-1.79330.18841810.16412941X-RAY DIFFRACTION97
1.7933-1.85740.16771380.16122899X-RAY DIFFRACTION95
1.8574-1.93170.21871460.15913003X-RAY DIFFRACTION98
1.9317-2.01960.18741480.15252988X-RAY DIFFRACTION98
2.0196-2.12610.16641710.14222987X-RAY DIFFRACTION98
2.1261-2.25930.18791500.14132944X-RAY DIFFRACTION96
2.2593-2.43380.17361690.14992990X-RAY DIFFRACTION98
2.4338-2.67870.17671390.14953066X-RAY DIFFRACTION99
2.6787-3.06620.15311450.14893010X-RAY DIFFRACTION97
3.0662-3.86270.16911570.13063110X-RAY DIFFRACTION99
3.8627-43.91620.16371680.13623195X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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