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- PDB-2krx: Solution NMR Structure of asl3597 from Nostoc sp. PCC7120. Northe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2krx
タイトルSolution NMR Structure of asl3597 from Nostoc sp. PCC7120. Northeast Structural Genomics Consortium Target ID Nsr244.
要素Asl3597 protein
キーワードstructural genomics / unknown function / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性Protein CHLORORESPIRATORY REDUCTION 7 / Protein CHLORORESPIRATORY REDUCTION 7 / Protein CHLORORESPIRATORY REDUCTION 7-like superfamily / Protein CHLORORESPIRATORY REDUCTION 7 / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / Asl3597 protein
機能・相同性情報
生物種Nostoc sp. (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing, simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Feldmann, E.A. / Ramelot, T.A. / Yang, Y. / Lee, D.K. / Ciccosanti, C. / Janjua, H.A. / Liu, J. / Rost, B. / Acton, T. / Xiao, R. ...Feldmann, E.A. / Ramelot, T.A. / Yang, Y. / Lee, D.K. / Ciccosanti, C. / Janjua, H.A. / Liu, J. / Rost, B. / Acton, T. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2012
タイトル: Solution NMR structure of Asl3597 from Nostoc sp. PCC7120, the first structure from protein domain family PF12095, reveals a novel fold.
著者: Feldmann, E.A. / Ramelot, T.A. / Yang, Y. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2009年12月22日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年1月11日Group: Database references
改定 1.32013年1月23日Group: Database references
改定 1.42023年7月26日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Asl3597 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9881
ポリマ－10,9881
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 125structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Asl3597 protein


分子量: 10988.447 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-86 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc sp. (バクテリア) / 株: PCC 7120 / 遺伝子: asl3597 / プラスミド: pET21-23C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pMGK / 参照: UniProt: Q8YR53

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1322D 1H-13C HSQC
1412D 1H-15N HSQC
1513D 1H-15N NOESY
1613D 1H-13C NOESY
1734D CC NOESY
1813D HNCO
1913D HNCA
11013D HN(CA)CB
11113D CBCA(CO)NH
11213D HBHA(CO)NH
11313D (H)CCH-TOCSY
11413D (H)CCH-TOCSY
11513D HN(CO)CA
11613D (H)CCH-COSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 20 mM MES, 200 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 5 mM calcium chloride, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.1 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] protein, 20 mM MES, 200 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 5 mM calcium chloride, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 20 mM MES, 200 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 5 mM calcium chloride, 0.02 % sodium azide2, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.1 mMprotein[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMMES1
200 mMsodium chloride1
10 mMDTT1
5 mMcalcium chloride1
0.02 %sodium azide1
1.1 mMprotein[U-5% 13C; U-100% 15N]2
20 mMMES2
200 mMsodium chloride2
10 mMDTT2
5 mMcalcium chloride2
0.02 %sodium azide2
1.0 mMprotein[U-100% 13C; U-100% 15N]3
20 mMMES3
200 mMsodium chloride3
10 mMDTT3
5 mMcalcium chloride3
0.02 %sodium azide3
試料状態イオン強度: 0.2 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker AvanceIIIBrukerAVANCE III8502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2008Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
VNMR6.1CVariancollection
TopSpin2.1.3Bruker Biospincollection
AutoStructure2.2.1Huang, Tejero, Powers and Montelioneデータ解析
X-PLOR NIH2.2Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
Sparky3.113Goddardデータ解析
PSVS1.4Bhattacharya and Montelione構造決定
AutoAssign2.3.0Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
PSVS1.4Bhattacharya and Montelione精密化
精密化手法: simulated annealing, simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Xplor-NIH, Xplor-NIH HBDA Torsion Angle Refinement
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 125 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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