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万見
- PDB-2krl: The ensemble of the solution global structures of the 102-nt ribo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2krl
タイトルThe ensemble of the solution global structures of the 102-nt ribosome binding structure element of the turnip crinkle virus 3' UTR RNA
要素RNA (102-MER)
キーワードRNA / SAXS / 3' UTR / global structure of large RNAs
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Turnip crinkle virus (ウイルス)
手法溶液NMR / 溶液散乱 / simulated annealing, duplex-orientation restrained
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Zuo, X. / Wang, J. / Yu, P. / Eyler, D. / Xu, H. / Starich, M. / Tiede, D. / Simon, A. / Kasprzak, W. / Schwieters, C. / Shapiro, B.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Solution structure of the cap-independent translational enhancer and ribosome-binding element in the 3' UTR of turnip crinkle virus.
著者: Zuo, X. / Wang, J. / Yu, P. / Eyler, D. / Xu, H. / Starich, M.R. / Tiede, D.M. / Simon, A.E. / Kasprzak, W. / Schwieters, C.D. / Shapiro, B.A. / Wang, Y.X.
履歴
登録2009年12月18日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (102-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9791
ポリマ－32,9791
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: RNA鎖 RNA (102-MER)


分子量: 32978.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Turnip crinkle virus (ウイルス) / 参照: GenBank: M22445.2

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実験情報

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実験

実験
手法詳細
溶液NMRThe global structure of the TCV RNA was determined using the G2G method.
溶液散乱
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1132D 1H-1H NOESY
1222D HNN-COSY
234IPAP-HSQC
NMR実験の詳細Text: MORE DETAILS ON STRUTURE DETERMINATION IN REMARK 265

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.06 mM RNA-1, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.3-0.8 mM [U-98% 15N] RNA-2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.3-0.8 mM RNA-3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
40.5 mM [U-98% 15N] RNA-4, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
0.06 mMRNA-11
mMRNA-2[U-98% 15N]0.3-0.82
mMRNA-30.3-0.83
0.5 mMRNA-4[U-98% 15N]4
試料状態イオン強度: 50 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298.2 K

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データ収集

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz
Soln scatterタイプ: x-ray / Buffer name: 50 MM TRIS, 0.5 MM MgCl2 / Conc. range: 1.0-5.0
Data analysis software list: GNOM, HOME-WRITTEN SCRIPTS IN IGOR AND MATLAB
Data reduction software list: MARDETECTOR, HOME-WRITTEN PROGRAM
Detector specific: MARRESEARCH GMBH, GERMANY / 検出器タイプ: MARCCD 165 / Mean guiner radius: 30.9 nm / Mean guiner radius esd: 0.4 nm / Num. of time frames: 20 / Protein length: 110 / Sample pH: 6.8 / Source beamline: 12-ID,18-ID / Source class: Y / Source type: APS ARGONNE / 温度: 298 K

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
G2G1(G2G) J. Wang, X. Zuo and Y-X. Wanggenerate global structure of rnas
X-PLOR NIH2.22Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing, duplex-orientation restrained / ソフトェア番号: 1
詳細: the orientations of all duplexes were restrained during the SA calculation
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10
Soln scatter model手法: SIMULATED ANNEALING METHOD WITH RESTRAINTS OF X-RAY SCATTERING DATA, RDC DATA, GENERIC A-FORM GEOMETRIC DISTANCE IN DUPLEXES, GENERIC A-FORM LIKE STACKING, NMR DETECTED HYDROGEN BONDS, AND ...手法: SIMULATED ANNEALING METHOD WITH RESTRAINTS OF X-RAY SCATTERING DATA, RDC DATA, GENERIC A-FORM GEOMETRIC DISTANCE IN DUPLEXES, GENERIC A-FORM LIKE STACKING, NMR DETECTED HYDROGEN BONDS, AND SAXS MOLECULAR ENVELOPE DIMENISIONAL MEASUREMENTS.
コンフォーマー選択の基準: STRUCTURES WITH LOWEST TOTAL ENERGY. THE TOTAL ENERGY INCLUDES PSEUDO-POTENTIALS OF SCATTERING TERM, RDC TERM, HYDROGEN BONDING TERM, AND OTHER REGULAR PSEUDO- ...コンフォーマー選択の基準: STRUCTURES WITH LOWEST TOTAL ENERGY. THE TOTAL ENERGY INCLUDES PSEUDO-POTENTIALS OF SCATTERING TERM, RDC TERM, HYDROGEN BONDING TERM, AND OTHER REGULAR PSEUDO-POTENTIALS IMPLEMENTED IN XPLOR-NIH.
詳細: SAXS MOLECULAR ENVELOPE WAS GENERATED USING AB INITIO MODEL CONSTRUCTION FROM SAXS BY DAMMIN AND DAMAVER. G2G WAS USED TO GENERATE INITIAL STRUCTURE. REFERENCE OF G2G IS : X. Zuo, J. Wang, P. ...詳細: SAXS MOLECULAR ENVELOPE WAS GENERATED USING AB INITIO MODEL CONSTRUCTION FROM SAXS BY DAMMIN AND DAMAVER. G2G WAS USED TO GENERATE INITIAL STRUCTURE. REFERENCE OF G2G IS : X. Zuo, J. Wang, P. Yu, D. Eyler, H. Xu, M.R. Starich, D.M. Tiede, A.E. Simon, W. Kasprzak, C.D. Schwieters, B.A. Shapiro, Y.-X. WANG, A Method for Helical RNA Global Structure Determination in Solution Using Small-Angle X-Ray Scattering and NMR Measurements; JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 2009, 393(3), 717-734.
Entry fitting list: G2G INITIAL STRUCTURE / Num. of conformers calculated: 100 / Num. of conformers submitted: 10 / 代表コンフォーマー: 1
Software list: G2G, DAMMIN AND DAMAVER IN ATSAS 2.1, XPLOR-NIH

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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