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万見
- PDB-2krd: Solution Structure of the Regulatory Domain of Human Cardiac Trop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2krd
タイトルSolution Structure of the Regulatory Domain of Human Cardiac Troponin C in Complex with the Switch Region of cardiac Troponin I and W7
要素
  • Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles
  • Troponin I, cardiac muscle
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / cardiac troponin C / regulatory domain / troponin I / switch region / W7 / Acetylation / Calcium / Cardiomyopathy / Disease mutation / Muscle protein / Polymorphism / Actin-binding / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of systemic arterial blood pressure by ischemic conditions / regulation of muscle filament sliding speed / troponin T binding / diaphragm contraction / troponin C binding / regulation of ATP-dependent activity / cardiac Troponin complex / cardiac myofibril / regulation of smooth muscle contraction / troponin complex ...regulation of systemic arterial blood pressure by ischemic conditions / regulation of muscle filament sliding speed / troponin T binding / diaphragm contraction / troponin C binding / regulation of ATP-dependent activity / cardiac Troponin complex / cardiac myofibril / regulation of smooth muscle contraction / troponin complex / regulation of muscle contraction / transition between fast and slow fiber / negative regulation of ATP-dependent activity / Striated Muscle Contraction / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / response to metal ion / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / myosin II complex / heart contraction / troponin I binding / skeletal muscle contraction / calcium channel inhibitor activity / vasculogenesis / cardiac muscle contraction / Ion homeostasis / sarcomere / intracellular calcium ion homeostasis / calcium-dependent protein binding / actin filament binding / actin binding / heart development / protein domain specific binding / calcium ion binding / protein kinase binding / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Troponin I residues 1-32 / Troponin I residues 1-32 / Troponin / Troponin domain superfamily / Troponin / EF-hand domain pair / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. ...Troponin I residues 1-32 / Troponin I residues 1-32 / Troponin / Troponin domain superfamily / Troponin / EF-hand domain pair / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-WW7 / Troponin I, cardiac muscle / Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Oleszczuk, M. / Robertson, I.M. / Li, M.X. / Sykes, B.D.
引用ジャーナル: J.MOL.CELL.CARDIOL. / 年: 2010
タイトル: Solution structure of the regulatory domain of human cardiac troponin C in complex with the switch region of cardiac troponin I and W7: the basis of W7 as an inhibitor of cardiac muscle contraction.
著者: Oleszczuk, M. / Robertson, I.M. / Li, M.X. / Sykes, B.D.
履歴
登録2009年12月16日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles
I: Troponin I, cardiac muscle
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2574
ポリマ－11,8762
非ポリマー3812
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 300structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles / TN-C


分子量: 10070.304 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNNC1, TNNC / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63316
#2: タンパク質・ペプチド Troponin I, cardiac muscle / Cardiac troponin I


分子量: 1806.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19429
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-WW7 / N-(6-AMINOHEXYL)-5-CHLORO-1-NAPHTHALENESULFONAMIDE / W-7


分子量: 340.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H21ClN2O2S

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1352D DQF-COSY
1423D CBCA(CO)NH
1523D C(CO)NH
1623D HN(CA)CB
1713D 1H-15N NOESY
1813D 1H-13C NOESY
1952D 1H-1H NOESY
11032D CNfilnoesy
11132D CNfiltocsy
11243D gChmqcnoesy CNfilt
11322D hbcbcgcdhdA
11423D HC(CO)HN

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-13C; U-15N] cNTnC, 10 mM imidazole, 100 mM potassium chloride, 3 mM N-(6-AMINOHEXYL)-5-CHLORO-1-NAPHTHALENESULFONAMIDE, 2.1 mM cTnI(147-163), 15 mM Dithiothreitol (DTT), 0.5 mM DSS, 10 mM calcium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.8 mM [U-13C; U-15N] cNTnC, 10 mM imidazole, 100 mM potassium chloride, 9 mM calcium chloride, 2.5 mM N-(6-AMINOHEXYL)-5-CHLORO-1-NAPHTHALENESULFONAMIDE, 4.2 mM cTnI(147-163), 15 mM Dithiothreitol (DTT), 0.5 mM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.5 mM [U-13C; U-15N] cNTnC, 10 mM imidazole, 100 mM potassium chloride, 9 mM calcium chloride, 2.8 mM N-(6-AMINOHEXYL)-5-CHLORO-1-NAPHTHALENESULFONAMIDE, 2 mM cTnI(147-163), 15 mM Dithiothreitol (DTT), 0.2 mM DSS, 100% D2O100% D2O
40.7 mM [U-13C; U-15N] cNTnC, 10 mM imidazole, 100 mM potassium chloride, 9 mM calcium chloride, 2.9 mM N-(6-AMINOHEXYL)-5-CHLORO-1-NAPHTHALENESULFONAMIDE, 3.6 mM cTnI(147-163), 15 mM Dithiothreitol (DTT), 0.4 mM DSS, 100% D2O100% D2O
50.5 mM [U-13C; U-15N] cNTnC, 10 mM imidazole, 100 mM potassium chloride, 9 mM calcium chloride, 3 mM N-(6-AMINOHEXYL)-5-CHLORO-1-NAPHTHALENESULFONAMIDE, 2.2 mM cTnI(147-163), 15 mM Dithiothreitol (DTT), 0.2 mM DSS, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMcNTnC[U-13C; U-15N]1
10 mMimidazole1
100 mMpotassium chloride1
3 mMN-(6-AMINOHEXYL)-5-CHLORO-1-NAPHTHALENESULFONAMIDE1
2.1 mMcTnI(147-163)1
15 mMDithiothreitol (DTT)1
0.5 mMDSS1
10 mMcalcium chloride1
0.8 mMcNTnC[U-13C; U-15N]2
10 mMimidazole2
100 mMpotassium chloride2
9 mMcalcium chloride2
2.5 mMN-(6-AMINOHEXYL)-5-CHLORO-1-NAPHTHALENESULFONAMIDE2
4.2 mMcTnI(147-163)2
15 mMDithiothreitol (DTT)2
0.5 mMDSS2
0.5 mMcNTnC[U-13C; U-15N]3
10 mMimidazole3
100 mMpotassium chloride3
9 mMcalcium chloride3
2.8 mMN-(6-AMINOHEXYL)-5-CHLORO-1-NAPHTHALENESULFONAMIDE3
2 mMcTnI(147-163)3
15 mMDithiothreitol (DTT)3
0.2 mMDSS3
0.7 mMcNTnC[U-13C; U-15N]4
10 mMimidazole4
100 mMpotassium chloride4
9 mMcalcium chloride4
2.9 mMN-(6-AMINOHEXYL)-5-CHLORO-1-NAPHTHALENESULFONAMIDE4
3.6 mMcTnI(147-163)4
15 mMDithiothreitol (DTT)4
0.4 mMDSS4
0.5 mMcNTnC[U-13C; U-15N]5
10 mMimidazole5
100 mMpotassium chloride5
9 mMcalcium chloride5
3 mMN-(6-AMINOHEXYL)-5-CHLORO-1-NAPHTHALENESULFONAMIDE5
2.2 mMcTnI(147-163)5
15 mMDithiothreitol (DTT)5
0.2 mMDSS5
試料状態pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian UnityVarianUNITY6002
Varian INOVAVarianINOVA5003

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解析

NMR software
名称開発者分類
VnmrJVariancollection
NMRPipeDelaglio, F. et al.解析
NMRViewJohnson, B. et al.chemical shift assignment
NMRViewJohnson, B. et al.データ解析
NMRViewJohnson, B. et al.peak picking
CYANAGuntert, P. et al.chemical shift assignment
TALOSCornilescu, G. et al.dihedral angles calculation
X-PLOR NIHSchwieters, C. et al.構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, C. et al.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Protonated form of W7 was used during water refinement. Positive charge on W7 tail (-CH2-NH3+ group) was added manually in analogy to positive charge on -CH2-NH3+ group in LYS+.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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