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- PDB-2kr4: U-box domain of the E3 Ubiquitin Ligase E4B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kr4
タイトルU-box domain of the E3 Ubiquitin Ligase E4B
要素Ubiquitin conjugation factor E4 B
キーワードLIGASE / U-box / E4B / Ufd2 / RING / Ubiquitin / E3 Ligase / Ubl conjugation pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


granzyme-mediated apoptotic signaling pathway / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / protein monoubiquitination / protein autoubiquitination / response to UV / ubiquitin ligase complex / ERAD pathway / response to endoplasmic reticulum stress / RING-type E3 ubiquitin transferase ...granzyme-mediated apoptotic signaling pathway / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / protein monoubiquitination / protein autoubiquitination / response to UV / ubiquitin ligase complex / ERAD pathway / response to endoplasmic reticulum stress / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein catabolic process / protein polyubiquitination / neuron projection development / ubiquitin protein ligase activity / unfolded protein binding / protein folding / ATPase binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / enzyme binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin conjugation factor E4, core / Ubiquitin conjugation factor E4 / Ubiquitin elongating factor core / U-box domain / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type ...Ubiquitin conjugation factor E4, core / Ubiquitin conjugation factor E4 / Ubiquitin elongating factor core / U-box domain / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin conjugation factor E4 B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Nordquist, K. / Soss, S. / Chazin, W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structural and functional characterization of the monomeric U-box domain from E4B.
著者: Nordquist, K.A. / Dimitrova, Y.N. / Brzovic, P.S. / Ridenour, W.B. / Munro, K.A. / Soss, S.E. / Caprioli, R.M. / Klevit, R.E. / Chazin, W.J.
履歴
登録2009年12月3日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin conjugation factor E4 B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7791
ポリマ－9,7791
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin conjugation factor E4 B / Ubiquitin fusion degradation protein 2 / Ufd2a


分子量: 9778.996 Da / 分子数: 1 / 断片: U-Box Domain (UNP residues 1092-1173) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: 6xHIS-SUMO tag with H3C protease cleavage site / 遺伝子: Ube4b, Ufd2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ES00

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1312D DQF-COSY
1422D 1H-1H NOESY
1513D CBCA(CO)NH
1613D HN(CA)CB
1713D HN(CO)CA
1813D H(CCO)NH
1913D (H)CCH-TOCSY
11013D 1H-15N NOESY
11113D 1H-13C NOESY
11213D (H)CCH-COSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1750 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] U-box domain of E4B, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM U-box domain of E4B, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
750 uMU-box domain of E4B-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1 mMU-box domain of E4B-22
試料状態イオン強度: 25 / pH: 6.5 / 圧: ambient atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2009.015.15.35Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Sparky3.113Goddardchemical shift assignment
Sparky3.113Goddardpeak picking
CYANA2..1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
Amber9Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollm精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Computed through AMBER9 in water, Computed through AMBER9 in water. Single residues in some models have phi-psi angle combinations that are outside the norm. These are found only for residues ...詳細: Computed through AMBER9 in water, Computed through AMBER9 in water. Single residues in some models have phi-psi angle combinations that are outside the norm. These are found only for residues that lack experimental constraints and which are therefore poorly defined in the structure.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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