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万見
- PDB-2kq2: Solution NMR structure of the apo form of a ribonuclease H domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kq2
タイトルSolution NMR structure of the apo form of a ribonuclease H domain of protein DSY1790 from Desulfitobacterium hafniense, Northeast Structural Genomics target DhR1A
要素Ribonuclease H-related protein
キーワードHYDROLASE / PSI / NESG / protein structure / Ribonuclease H / apo enzyme / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / nucleic acid binding
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease H1, N-terminal / Ribonuclease H1, N-terminal domain superfamily / Ribonuclease H1 N-terminal domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / RNase H / Ribonuclease H domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily ...Ribonuclease H1, N-terminal / Ribonuclease H1, N-terminal domain superfamily / Ribonuclease H1 N-terminal domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / RNase H / Ribonuclease H domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease H-related protein
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfitobacterium hafniense DCB-2 (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Mills, J.L. / Eletsky, A. / Hua, J. / Belote, R.L. / Buchwald, W.A. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Nair, R. / Rost, B. / Acton, T.B. ...Mills, J.L. / Eletsky, A. / Hua, J. / Belote, R.L. / Buchwald, W.A. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Nair, R. / Rost, B. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR structure of the apo form of a ribonuclease H domain of protein DSY1790 from Desulfitobacterium hafniense, Northeast Structural Genomics target DhR1A
著者: Mills, J.L. / Eletsky, A. / Hua, J. / Belote, R.L. / Buchwald, W.A. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Nair, R. / Rost, B. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Szyperski, T.
履歴
登録2009年10月24日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease H-related protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6931
ポリマ－16,6931
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease H-related protein


分子量: 16692.633 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 69-206 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfitobacterium hafniense DCB-2 (バクテリア)
株: DCB-2 / DSM 10664 / 遺伝子: Dhaf_2944 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: B8FYP4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1322D 1H-13C HSQC
1413D CBCA(CO)NH
1513D HNCO
1613D HN(CA)CB
1713D HBHA(CO)NH
1813D (H)CCH-COSY
1913D simultaneous NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.89 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] DhR1A, 10 v/v [U-2H] D2O, 90 v/v H2O, 20 mM MES, 200 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 10 mM DTT, 50 uM DSS, 0.02 w/v sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.943 mM [U-5% 13C; U-99% 15N] DhR1A, 10 v/v [U-2H] D2O, 90 v/v H2O, 20 mM MES, 200 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 10 mM DTT, 50 uM DSS, 0.02 w/v sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.89 mMDhR1A-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
10 v/vD2O-2[U-2H]1
90 v/vH2O-31
20 mMMES-41
200 mMsodium chloride-51
5 mMcalcium chloride-61
10 mMDTT-71
50 uMDSS-81
0.02 w/vsodium azide-91
0.943 mMDhR1A-10[U-5% 13C; U-99% 15N]2
10 v/vD2O-11[U-2H]2
90 v/vH2O-122
20 mMMES-132
200 mMsodium chloride-142
5 mMcalcium chloride-152
10 mMDTT-162
50 uMDSS-172
0.02 w/vsodium azide-182
試料状態イオン強度: 430 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UnityPlusVarianUNITYPLUS6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
VnmrJVariancollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
XEASYBartels et al.データ解析
XEASYBartels et al.peak picking
SPSCANGlaser解析
AutoAssignZimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
CSIWishart and Sykes構造決定
TALOSCornilescu, Delaglio and Bax構造決定
CYANAHerrmann, Guntert and Wuthrich構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrich精密化
PSVSBhattacharya and Montelione精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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