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万見
- PDB-2kos: NMR solution structures of octanoyl-ACP from Streptomyces coelico... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kos
タイトルNMR solution structures of octanoyl-ACP from Streptomyces coelicolor Fatty Acid Synthase
要素Acyl carrier protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / acyl carrier protein / intermediate binding / fatty acid synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid A biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
EAL domain / EAL domain profile. / ACP-like / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SXO / Acyl carrier protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Ploskon, E. / Arthur, C. / Crump, M.P.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2010
タイトル: Recognition of intermediate functionality by acyl carrier protein over a complete cycle of fatty acid biosynthesis
著者: Ploskon, E. / Arthur, C.J. / Kanari, A.L. / Wattana-amorn, P. / Williams, C. / Crosby, J. / Simpson, T.J. / Willis, C.L. / Crump, M.P.
履歴
登録2009年9月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2782
ポリマ－8,7941
非ポリマー4851
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Acyl carrier protein


分子量: 8793.774 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
遺伝子: acpP, SCO2389, SC4A7.17 / プラスミド: Sc-apoFAS-pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P72393
#2: 化合物 ChemComp-SXO / S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] octanethioate


分子量: 484.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H37N2O8PS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D HN(CA)CB
1413D (H)CCH-TOCSY
1513D 1H-15N NOESY
1613D 1H-13C NOESY
1712D 13C,15N Filtered NOESY
1812D 13C,15N Filtered TOCSY
1912D F2 13C Filtered NOESY

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試料調製

詳細内容: 50mM potassium phosphate-1, 0.5mM sodium azide-2, 1mM octanoyl phosphopantetheine-3, 1mM [U-99% 13C; U-99% 15N] ACP-4, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
50 mMpotassium phosphate-11
0.5 mMsodium azide-21
1 mMoctanoyl phosphopantetheine-31
1 mMACP-4[U-99% 13C; U-99% 15N]1
試料状態イオン強度: 50 / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA1.2Linge, O'Donoghue, Nilges精密化
ARIA1.2Linge, O'Donoghue, Nilges構造決定
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer, Bax解析
CCPN_Analysis1Fogh, Vranken, Boucher, Stevens, Laueデータ解析
CCPN_Analysis1Fogh, Vranken, Boucher, Stevens, Lauechemical shift assignment
CCPN_Analysis1Fogh, Vranken, Boucher, Stevens, Lauepeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: 20 best structures from last iteration were selected for water refinement. Water refined structures were calculated using the slightly modified refinement script applied to the RECOORD database.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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