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- PDB-2kn4: The structure of the RRM domain of SC35 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kn4
タイトルThe structure of the RRM domain of SC35
要素Immunoglobulin G-binding protein G,Serine/arginine-rich splicing factor 2
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RRM domain / Cell wall / IgG-binding protein / Peptidoglycan-anchor / Secreted / mRNA processing / mRNA splicing / Nucleus / Phosphoprotein / RNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA Polymerase II Transcription Termination / IgG binding / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / mRNA processing ...mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA Polymerase II Transcription Termination / IgG binding / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / mRNA processing / transcription corepressor activity / nuclear speck / mRNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily ...: / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin G-binding protein G / Serine/arginine-rich splicing factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus sp. group G (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Clayton, J.C. / Goult, B.T. / Lian, L.-Y.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: The structure and selectivity of the SR protein SRSF2 RRM domain with RNA
著者: Phelan, M.M. / Goult, B.T. / Clayton, J.C. / Hautbergue, G.M. / Wilson, S.A. / Lian, L.-Y.
履歴
登録2009年8月14日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年12月21日Group: Database references
改定 1.32020年2月12日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name ..._entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref.db_code / _struct_ref_seq_dif.align_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin G-binding protein G,Serine/arginine-rich splicing factor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1331
ポリマ－18,1331
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: 抗体 Immunoglobulin G-binding protein G,Serine/arginine-rich splicing factor 2 / IgG-binding protein G / Protein PR264 / Splicing component / 35 kDa / Splicing factor SC35 / SC-35 ...IgG-binding protein G / Protein PR264 / Splicing component / 35 kDa / Splicing factor SC35 / SC-35 / Splicing factor / arginine/serine-rich 2


分子量: 18133.104 Da / 分子数: 1
断片: UNP residues 304-357 from P19909, UNP residues 9-101 from Q01130
由来タイプ: 組換発現
詳細: Chimera of Immunoglobulin G-binding protein G, linker, Splicing factor; arginine/serine-rich 2
由来: (組換発現) Streptococcus sp. group G (バクテリア), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: spg, SRSF2, SFRS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19909, UniProt: Q01130

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HNCO
1513D HNCA
1613D HN(CA)CB
1713D HBHA(CO)NH
1813D HN(CO)CA
1913D HBHANH
11023D (H)CCH-TOCSY
11142D 1H-1H TOCSY
11242D 1H-1H NOESY
11333D 1H-15N NOESY
11413D 1H-13C NOESY
11523D 1H-13C NOESY
11613D HN(CA)CO

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SC35-1, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SC35-2, 100% D2O100% D2O
30.5 mM [U-100% 15N] SC35-3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
40.5 mM SC35-4, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMSC35-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.5 mMSC35-2[U-100% 13C; U-100% 15N]2
0.5 mMSC35-3[U-100% 15N]3
0.5 mMSC35-44
試料状態イオン強度: 100 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 305 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
CCPN_Analysis1CCPNchemical shift assignment
CCPN_Analysis1CCPNデータ解析
CCPN_Analysis1CCPNpeak picking
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilgesgeometry optimization
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
CYANA2Guntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
CYANA2Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA2Guntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: FINAL STRUCTURES REFINED IN EXPLICIT WATER BATH AS IMPLEMENTED IN ARIA 1.2/CNS 1.1. 20 LOWEST ENERGY STRUCTURES SELECTED FROM WATER REFINEMENT USING CNS. INITIAL STRUCTURES GENERATED WITH CYANA
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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