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万見
- PDB-2km6: NMR structure of the NLRP7 Pyrin domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2km6
タイトルNMR structure of the NLRP7 Pyrin domain
要素NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 7
キーワードSIGNALING PROTEIN / PROTEIN BINDING / NLRP7 / pyrin domain / innate immune system / NALP / ATP-binding / Disease mutation / Leucine-rich repeat / Nucleotide-binding / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-1 binding / caspase binding / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of protein processing / negative regulation of interleukin-1 beta production / cellular response to interleukin-1 / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / cellular response to lipopolysaccharide / regulation of inflammatory response / ATP binding ...interleukin-1 binding / caspase binding / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of protein processing / negative regulation of interleukin-1 beta production / cellular response to interleukin-1 / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / cellular response to lipopolysaccharide / regulation of inflammatory response / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / DAPIN domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / DAPIN domain profile. / NACHT-NTPase domain profile. ...: / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / DAPIN domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / DAPIN domain profile. / NACHT-NTPase domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death Domain, Fas / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death Domain, Fas / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / Death-like domain superfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Pinheiro, A. / Proell, M. / Schwarzenbacher, R. / Peti, W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Three-dimensional structure of the NLRP7 pyrin domain: insight into pyrin-pyrin-mediated effector domain signaling in innate immunity.
著者: Pinheiro, A.S. / Proell, M. / Eibl, C. / Page, R. / Schwarzenbacher, R. / Peti, W.
履歴
登録2009年7月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3621
ポリマ－12,3621
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 7 / PYRIN-containing APAF1-like protein 3 / Nucleotide-binding oligomerization domain protein 12


分子量: 12361.915 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NLRP7, NALP7, NOD12, PYPAF3 / プラスミド: pHis parallel / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 Star / 参照: UniProt: Q8WX94

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1223D HNCA
1323D HN(CA)CB
1423D CBCA(CO)NH
1523D HNCO
1623D HN(CA)CO
1723D HBHA(CO)NH
1823D C(CO)NH
1913D 1H-15N NOESY
11023D 1H-13C NOESY
11132D 1H-1H NOESY
11232D 1H-1H TOCSY
11332D 1H-1H COSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0 mM [U-99% 15N] NLRP7 Pyd, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.25 mM TCEP, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] NLRP7 Pyd, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.25 mM TCEP, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31.0 mM NLRP7 Pyd, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.25 mM TCEP, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMNLRP7 Pyd[U-99% 15N]1
20 mMsodium phosphate1
50 mMsodium chloride1
0.25 mMTCEP1
1.0 mMNLRP7 Pyd[U-99% 13C; U-99% 15N]2
20 mMsodium phosphate2
50 mMsodium chloride2
0.25 mMTCEP2
1.0 mMNLRP7 Pyd3
20 mMsodium phosphate3
50 mMsodium chloride3
0.25 mMTCEP3
試料状態イオン強度: 0.05 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker Avance IIBrukerAVANCE II5001
Bruker Avance IIBrukerAVANCE II8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, P. et al.構造決定
CNSBrunger, A. et al.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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