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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2km0 | ||||||
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タイトル | Cu(I)-bound CopK | ||||||
要素 | Copper resistance protein K | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / heavy metal resistance / periplasmic copper binding protein / Copper / Periplasm / Plasmid | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Ralstonia metallidurans (バクテリア) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics | ||||||
Model details | lowest energy, model 1 | ||||||
データ登録者 | Bersch, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010 タイトル: CopK from Cupriavidus metallidurans CH34 Binds Cu(I) in a Tetrathioether Site: Characterization by X-ray Absorption and NMR Spectroscopy 著者: Sarret, G. / Favier, A. / Hazemann, J.L. / Mergeay, M. / Bersch, B. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008 タイトル: Molecular structure and metal-binding properties of the periplasmic CopK protein expressed in Cupriavidus metallidurans CH34 during copper challenge 著者: Bersch, B. / Favier, A. / Schanda, P. / van Aelst, S. / Vallaeys, T. / Coves, J. / Mergeay, M. / Wattiez, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2km0.cif.gz | 507.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2km0.ent.gz | 427.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2km0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2km0_validation.pdf.gz | 402.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2km0_full_validation.pdf.gz | 550.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2km0_validation.xml.gz | 29.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2km0_validation.cif.gz | 46 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/2km0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/2km0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8294.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ralstonia metallidurans (バクテリア) 株: CH34 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58AD3 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CU1 / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR / 詳細: CopK protein bound to a single Cu(I) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1 |