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万見
- PDB-2km0: Cu(I)-bound CopK -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2km0
タイトルCu(I)-bound CopK
要素Copper resistance protein K
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / heavy metal resistance / periplasmic copper binding protein / Copper / Periplasm / Plasmid
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Copper resistance protein K / Copper resistance protein K / CopK superfamily / Copper resistance protein K / Thrombin, subunit H / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (I) ION / Copper resistance protein K
類似検索 - 構成要素
生物種Ralstonia metallidurans (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Bersch, B.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: CopK from Cupriavidus metallidurans CH34 Binds Cu(I) in a Tetrathioether Site: Characterization by X-ray Absorption and NMR Spectroscopy
著者: Sarret, G. / Favier, A. / Hazemann, J.L. / Mergeay, M. / Bersch, B.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Molecular structure and metal-binding properties of the periplasmic CopK protein expressed in Cupriavidus metallidurans CH34 during copper challenge
著者: Bersch, B. / Favier, A. / Schanda, P. / van Aelst, S. / Vallaeys, T. / Coves, J. / Mergeay, M. / Wattiez, R.
履歴
登録2009年7月15日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper resistance protein K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,3582
ポリマ－8,2951
非ポリマー641
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 1000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Copper resistance protein K


分子量: 8294.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ralstonia metallidurans (バクテリア)
株: CH34 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58AD3
#2: 化合物 ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: CopK protein bound to a single Cu(I)
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D 1H-15N NOESY
1323D 1H-13C NOESY
1432D 1H-1H NOESY
1523D HNCO
1623D HN(CA)CB
1723D HN(COCA)CB
1823D HNCA
1923D C(CO)NH
11023D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 15N] CopK-1, 0.95 mM COPPER(I) ION-2, 50 mM ammonium acetate-3, 10 mM sodium ascorbate-4, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CopK-5, 1.5 mM COPPER(I) ION-6, 50 mM ammonium acetate-7, 16 mM sodium ascorbate-8, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31.5 mM CopK-9, 1.4 mM COPPER(I) ION-10, 50 mM ammonium acetate-11, 14 mM sodium ascorbate-12, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMCopK-1[U-100% 15N]1
0.95 mMCOPPER(I) ION-21
50 mMammonium acetate-31
10 mMsodium ascorbate-41
1.6 mMCopK-5[U-100% 13C; U-100% 15N]2
1.5 mMCOPPER(I) ION-62
50 mMammonium acetate-72
16 mMsodium ascorbate-82
1.5 mMCopK-93
1.4 mMCOPPER(I) ION-103
50 mMammonium acetate-113
14 mMsodium ascorbate-123
試料状態pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian DirectDriveVarianDirect Drive6001
Varian DirectDriveVarianDirect Drive8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
AtnosCandidTorsten Herrmannpeak picking
AtnosCandidTorsten Herrmann構造決定
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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