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万見
- PDB-2klw: Solution structure of an abc collagen heterotrimer reveals a sing... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2klw
タイトルSolution structure of an abc collagen heterotrimer reveals a single-register helix stabilized by electrostatic interactions
要素
  • (DOG)10
  • (PKG)10
  • (POG)10
キーワードDE NOVO PROTEIN / Collagen / Synthetic Peptide / Heterotrimer
手法溶液NMR / simulated annealing, constraint minimization
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Fallas, J.A. / Gauba, V. / Hartgerink, J.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Solution structure of an ABC collagen heterotrimer reveals a single-register helix stabilized by electrostatic interactions.
著者: Fallas, J.A. / Gauba, V. / Hartgerink, J.D.
履歴
登録2009年7月9日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (PKG)10
B: (DOG)10
C: (POG)10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4853
ポリマ－8,4853
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 300structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド (PKG)10


分子量: 2875.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Fmoc based solid phase peptide synthesis
#2: タンパク質・ペプチド (DOG)10


分子量: 2894.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Fmoc based solid phase peptide synthesis
#3: タンパク質・ペプチド (POG)10


分子量: 2714.874 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Fmoc based solid phase peptide synthesis

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H TOCSY
1212D 1H-1H NOESY
1322D 1H-1H TOCSY
1432D 1H-1H TOCSY
1542D 1H-1H TOCSY
1642D 1H-1H NOESY
1752D 1H-13C HSQC
1852D 1H-15N HSQC
1953D HNHA
11052D 1H-1H 13C-HMQC NOESY 15N-HSQC
21112D 1H-1H NOESY
21212D 1H-1H TOCSY
11362D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.2 mM K-1, 1.2 mM D-2, 1.2 mM O-3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.2 mM K-4, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31.2 mM D-5, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
41.2 mM O-6, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
51.2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] K-7, 1.2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] D-8, 1.2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] O-9, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
61.8 mM K-10, 1.2 mM D-11, 1.2 mM O-12, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMK-11
1.2 mMD-21
1.2 mMO-31
1.2 mMK-42
1.2 mMD-53
1.2 mMO-64
1.2 mMK-7[U-99% 13C; U-99% 15N]5
1.2 mMD-8[U-99% 13C; U-99% 15N]5
1.2 mMO-9[U-99% 13C; U-99% 15N]5
1.8 mMK-106
1.2 mMD-116
1.2 mMO-126
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
17ambient 298 K
27ambient 283 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSv 1.21Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
SparkyGoddardchemical shift assignment
Amber9Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollm精密化
CcpNMRCCPNデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing, constraint minimization / ソフトェア番号: 1
詳細: simulated annealing in CNS using a combination of torsional and cartesian dynamics, refinement in implicit solvent using amber
NMR constraintsNOE constraints total: 771 / NOE intraresidue total count: 253 / NOE long range total count: 0 / NOE medium range total count: 0 / NOE sequential total count: 180 / Protein chi angle constraints total count: 48 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 72 / Protein psi angle constraints total count: 0
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 1.86 °
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 15 / Maximum torsion angle constraint violation: 5 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.25 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.1 Å / Distance rms dev error: 0.01 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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