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万見
- PDB-2kkw: SLAS-micelle bound alpha-synuclein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kkw
タイトルSLAS-micelle bound alpha-synuclein
要素Alpha-synuclein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Protein-micelle interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / : / response to desipramine / neutral lipid metabolic process / regulation of acyl-CoA biosynthetic process / negative regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of norepinephrine uptake / positive regulation of SNARE complex assembly / positive regulation of hydrogen peroxide catabolic process / supramolecular fiber ...negative regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / : / response to desipramine / neutral lipid metabolic process / regulation of acyl-CoA biosynthetic process / negative regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of norepinephrine uptake / positive regulation of SNARE complex assembly / positive regulation of hydrogen peroxide catabolic process / supramolecular fiber / mitochondrial membrane organization / regulation of synaptic vesicle recycling / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of protein localization to cell periphery / negative regulation of exocytosis / regulation of glutamate secretion / SNARE complex assembly / positive regulation of neurotransmitter secretion / dopamine biosynthetic process / response to iron(II) ion / regulation of norepinephrine uptake / negative regulation of dopamine metabolic process / regulation of locomotion / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / regulation of macrophage activation / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / synaptic vesicle priming / transporter regulator activity / negative regulation of microtubule polymerization / synaptic vesicle transport / positive regulation of receptor recycling / dopamine uptake involved in synaptic transmission / protein kinase inhibitor activity / dynein complex binding / regulation of dopamine secretion / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / nuclear outer membrane / cuprous ion binding / positive regulation of exocytosis / synaptic vesicle exocytosis / response to magnesium ion / positive regulation of endocytosis / kinesin binding / synaptic vesicle endocytosis / enzyme inhibitor activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of serotonin uptake / regulation of presynapse assembly / response to type II interferon / alpha-tubulin binding / beta-tubulin binding / phospholipase binding / behavioral response to cocaine / supramolecular fiber organization / cellular response to copper ion / phospholipid metabolic process / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / inclusion body / axon terminus / cellular response to epinephrine stimulus / Hsp70 protein binding / response to interleukin-1 / regulation of microtubule cytoskeleton organization / SNARE binding / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / adult locomotory behavior / excitatory postsynaptic potential / phosphoprotein binding / protein tetramerization / fatty acid metabolic process / microglial cell activation / synapse organization / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / ferrous iron binding / protein destabilization / PKR-mediated signaling / phospholipid binding / receptor internalization / tau protein binding / long-term synaptic potentiation / terminal bouton / positive regulation of inflammatory response / synaptic vesicle membrane / actin cytoskeleton / actin binding / growth cone / cellular response to oxidative stress / cell cortex / neuron apoptotic process / microtubule binding / response to lipopolysaccharide / chemical synaptic transmission / molecular adaptor activity / amyloid fibril formation / histone binding / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane / lysosome
類似検索 - 分子機能
Helix hairpin bin / Synuclein / Alpha-synuclein / Synuclein / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / EPR / simulated annealing
Model detailsmost populated ensemble subset representative, model 1
データ登録者Rao, J. / Jao, C.C. / Hegde, B. / Langen, R. / Ulmer, T.S.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: A combinatorial NMR and EPR approach for evaluating the structural ensemble of partially folded proteins.
著者: Rao, J.N. / Jao, C.C. / Hegde, B.G. / Langen, R. / Ulmer, T.S.
履歴
登録2009年6月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年2月13日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_exptl / Item: _pdbx_nmr_exptl.conditions_id
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-synuclein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4761
ポリマ－14,4761
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)34 / 85000ENSEMBLE SUBPOPULATION AVERAGE REPRESENTATIVES
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 Alpha-synuclein / Non-A beta component of AD amyloid / Non-A4 component of amyloid precursor / NACP


分子量: 14476.108 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNCA, NACP, PARK1 / プラスミド: pET-42 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37840

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実験情報

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実験

実験
手法
溶液NMR
EPR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111TRIPLE RESONANCE
121QUANTITATIVE J CORRELATION HNCO
1314-PULSE DEER
NMR実験の詳細Text: EPR EXPERIMENT WAS DONE USING ELEXSYS E 580 SPECTROMETER AT 0.45 T, 78K, AMBIENT PRESSURE, PH 7.4, IONIC STRENGHT 0.1. THE EPR SAMPLE CONTAINED 50 UM ALPHA-SYNUCLEIN, 5 MM SODIUM LAUROYL SARCOSINATE, 30% SUCROSE

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試料調製

詳細内容: 0.75 MM [U-100% 13C, U-100% 15N, U-80% 2H] ALPHA-SYNUCLEIN, 75 MM SODIUM LAUROYL SARCOSINATE, 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.75 mMentity-1[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]1
75 mMsodium lauroyl sarcosinate-21
50 uMentity-32
5 mMsodium lauroyl sarcosinate-42
30 %sucrose-52
試料状態イオン強度: 0.05 / pH: 7.4 / 圧: AMBIENT / 温度: 298.2 K

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データ収集

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSCHWIETERS, KUSZEWSKI, TJ精密化
X-PLOR NIH構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: ENSEMBLE SUBPOPULATION AVERAGE REPRESENTATIVES
計算したコンフォーマーの数: 85000 / 登録したコンフォーマーの数: 34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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