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- PDB-2kkt: Solution structure of the SCA7 domain of human Ataxin-7-L3 protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kkt
タイトルSolution structure of the SCA7 domain of human Ataxin-7-L3 protein
要素Ataxin-7-like protein 3
キーワードTRANSCRIPTION / Zinc Finger / Activator / Alternative splicing / Chromatin regulator / Metal-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Transcription regulation / Zinc / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / DUBm complex / SAGA complex / nuclear receptor coactivator activity / HATs acetylate histones / transcription coactivator activity / positive regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1270 / SAGA complex, Sgf11 subunit / Sgf11 (transcriptional regulation protein) / SCA7 domain / SCA7, zinc-binding domain / SCA7 domain profile. / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
Ataxin-7-like protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Wang, Y. / Atkinson, A.R. / Bonnet, J. / Romier, C. / Kieffer, B.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Histone deubiquitination by SAGA is modulated by an atypical zinc finger domain of Ataxin-7
著者: Bonnet, J. / Wang, Y. / Atkinson, A. / Koffler, J. / Romier, C. / Hamiche, A. / Tora, L. / Devys, D. / Kieffer, B.
履歴
登録2009年6月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ataxin-7-like protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5582
ポリマ-9,4931
非ポリマー651
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 64structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Ataxin-7-like protein 3 / SAGA-associated factor 11 homolog


分子量: 9492.639 Da / 分子数: 1 / 断片: SCA7 domain / 変異: I239V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATXN7L3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q14CW9
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Solution structure of the human Ataxin-7-L3(198-249) protein
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HNCO
1213D HNCA
1313D HN(CA)CB
1413D HN(CO)CA
1513D (H)CCH-TOCSY
1622D 1H-1H NOESY
1722D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
150mM sodium phosphate-1, 200mM sodium chloride-2, 2mM DTT-3, 0.15mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein-4, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
250mM sodium phosphate-5, 200mM sodium chloride-6, 2mM DTT-7, 0.6mM protein-8, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
50 mMsodium phosphate-11
200 mMsodium chloride-21
2 mMDTT-31
0.15 mMprotein-4[U-99% 13C; U-99% 15N]1
50 mMsodium phosphate-52
200 mMsodium chloride-62
2 mMDTT-72
0.6 mMprotein-82
試料状態イオン強度: 0.3 / pH: 7.1 / : ambient / 温度: 295 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE9502

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: In explicit water using RECOORD protocol
NMR constraintsNOE constraints total: 970 / NOE intraresidue total count: 289 / NOE long range total count: 681 / NOE medium range total count: 167 / NOE sequential total count: 383 / Protein phi angle constraints total count: 23 / Protein psi angle constraints total count: 23
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 64 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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