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万見
- PDB-2kko: Solution NMR structure of the homodimeric winged helix-turn-helix... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kko
タイトルSolution NMR structure of the homodimeric winged helix-turn-helix DNA-binding domain (fragment 1-100) Mb0332 from Mycobacterium bovis, a possible ArsR-family transcriptional regulator. Northeast Structural Genomics Consortium Target MbR242E.
要素POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (POSSIBLY ARSR-FAMILY)
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / NESG / DNA-BINDING / TRANSCRIPTION REGULATION / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / wHTH / HOMODIMER / winged helix-turn-helix / Transcription (転写 (生物学)) / Transferase (転移酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / :
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium bovis (結核菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Wang, D. / Ciccosanti, C. / Jiang, M. / Nair, R. / Rost, B. / Swapna, G. / Acton, T.B. / Xiao, R. ...Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Wang, D. / Ciccosanti, C. / Jiang, M. / Nair, R. / Rost, B. / Swapna, G. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR structure of the homodimeric winged helix-turn-helix DNA-binding domain (fragment 1-100) Mb0332 from Mycobacterium bovis, a possible ArsR-family transcriptional regulator. ...タイトル: Solution NMR structure of the homodimeric winged helix-turn-helix DNA-binding domain (fragment 1-100) Mb0332 from Mycobacterium bovis, a possible ArsR-family transcriptional regulator. Northeast Structural Genomics Consortium Target MbR242E.
著者: Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Wang, D. / Ciccosanti, C. / Jiang, M. / Nair, R. / Rost, B. / Swapna, G. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2009年6月26日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (POSSIBLY ARSR-FAMILY)
B: POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (POSSIBLY ARSR-FAMILY)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4932
ポリマ－23,4932
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 150structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 POSSIBLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (POSSIBLY ARSR-FAMILY)


分子量: 11746.304 Da / 分子数: 2 / 断片: HTH arsR-type DNA binding domain residues 1-100 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mycobacterium bovis (結核菌) / 遺伝子: Mb0332 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pMGK / 参照: UniProt: Q7U294

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D 1H-15N NOESY
1413D 1H-13C NOESY
1513D HNCO
1613D HNCA
1713D CBCA(CO)NH
1813D HN(CA)CB
1913D C(CO)NH
11013D HBHA(CO)NH
11113D (H)CCH-TOCSY
11213D (H)CCH-COSY
11322D 1H-13C HSQC
11413D 1H-13C NOESY arom
11533D CN filt 1H-13C NOESY
11632D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
120 mM MES, 200 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 1.1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 50 uM DSS, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
220 mM MES, 200 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 0.8 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] protein, 50 uM DSS, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
320 mM MES, 200 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 50 uM DSS, .5 mM protein, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMMES1
200 mMsodium chloride1
10 mMDTT1
0.02 %sodium azide1
1.1 mMprotein[U-100% 13C; U-100% 15N]1
50 uMDSS1
20 mMMES2
200 mMsodium chloride2
10 mMDTT2
0.02 %sodium azide2
0.8 mMprotein[U-5% 13C; U-100% 15N]2
50 uMDSS2
20 mMMES3
200 mMsodium chloride3
10 mMDTT3
0.02 %sodium azide3
.5 mMprotein-1[U-100% 13C; U-100% 15N]3
50 uMDSS3
.5 mMprotein-23
試料状態イオン強度: 200 / pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker AvanceIIIBrukerAVANCE III8502
Varian INOVAVarianINOVA7503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2008Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
VNMR6.1CVariancollection
TopSpin2.1.3Bruker Biospincollection
AutoStructure2.2.1Huang, Tejero, Powers and Montelioneデータ解析
X-PLOR NIH2.2Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
Sparky3.113Goddardデータ解析
PSVS1.3Bhattacharya and Montelionestructure validation
AutoAssign2.3.0Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
PdbStat5.1(PDBStat) R. Tejero, G.T. Montelioneデータ解析
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: CNS water refinement
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 150 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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