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- PDB-2kkg: NMR structure of the octarepeat region of prion protein bound to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kkg
タイトルNMR structure of the octarepeat region of prion protein bound to pentosan polysulfate
要素Major prion protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / prion protein / octapeptide repeats / pentosan polysulfate / sulfated glycans / Cell membrane / Disulfide bond / Glycoprotein / Golgi apparatus / GPI-anchor / Lipoprotein / Membrane / Prion
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of calcium ion import across plasma membrane / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of glutamate receptor signaling pathway / glycosaminoglycan binding / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / negative regulation of interleukin-17 production / cupric ion binding / negative regulation of dendritic spine maintenance / regulation of potassium ion transmembrane transport / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade ...regulation of calcium ion import across plasma membrane / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of glutamate receptor signaling pathway / glycosaminoglycan binding / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / negative regulation of interleukin-17 production / cupric ion binding / negative regulation of dendritic spine maintenance / regulation of potassium ion transmembrane transport / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / negative regulation of interleukin-2 production / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / negative regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of amyloid-beta formation / cuprous ion binding / negative regulation of type II interferon production / positive regulation of protein targeting to membrane / side of membrane / inclusion body / neuron projection maintenance / positive regulation of calcium-mediated signaling / cellular response to copper ion / molecular function activator activity / positive regulation of protein localization to plasma membrane / molecular condensate scaffold activity / protein destabilization / protein homooligomerization / cellular response to xenobiotic stimulus / terminal bouton / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / presynapse / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / response to oxidative stress / protease binding / nuclear membrane / microtubule binding / amyloid fibril formation / learning or memory / regulation of cell cycle / intracellular signal transduction / membrane raft / copper ion binding / dendrite / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / cell surface / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Prion, copper binding octapeptide repeat / Copper binding octapeptide repeat region / Major prion protein N-terminal domain / Major prion protein bPrPp - N terminal / Prion protein signature 1. / Prion protein signature 2. / Prion protein / Major prion protein / Prion/Doppel protein, beta-ribbon domain / Prion/Doppel beta-ribbon domain superfamily / Prion/Doppel alpha-helical domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Major prion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mesocricetus auratus (ネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
Model detailsclosest to the average, model 2
データ登録者Taubner, L.M. / Caughey, B. / Copie, V.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure of the flexible amino-terminal domain of prion protein bound to a sulfated glycan.
著者: Taubner, L.M. / Bienkiewicz, E.A. / Copie, V. / Caughey, B.
履歴
登録2009年6月19日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major prion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6961
ポリマ－8,6961
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 Major prion protein / PrP / PrP27-30 / PrP33-35C


分子量: 8696.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mesocricetus auratus (ネズミ) / 遺伝子: PRNP, PRP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04273

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: residues 57-91 of Syrian hamster prion protein
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1232D 1H-13C HSQC
1323D CBCA(CO)NH
1423D C(CO)NH
1523D HNCA
1623D HN(CA)CB
1723D HBHA(CO)NH
1823D H(CCO)NH
1933D (H)CCH-TOCSY
11013D 1H-15N NOESY
11133D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-15N] octarepeats-1, 5 % [U-2H] D2O-2, 20 % [U-2H] DMSO-3, 20 mM pentosan polysulfate-4, 10 mM sodium acetate-5, 75 % H2O-6, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.5 mM [U-13C; U-15N] octarepeats-7, 5 % [U-2H] D2O-8, 20 % [U-2H] DMSO-9, 20 mM pentosan polysulfate-10, 10 mM sodium acetate-11, 75 % H2O-12, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
30.5 mM [U-13C; U-15N] octarepeats-13, 80 % [U-2H] D2O-14, 20 % [U-2H] DMSO-15, 20 mM pentosan polysulfate-16, 10 mM sodium acetate-17, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMoctarepeats-1[U-15N]1
5 %D2O-2[U-2H]1
20 %DMSO-3[U-2H]1
20 mMpentosan polysulfate-41
10 mMsodium acetate-51
75 %H2O-61
0.5 mMoctarepeats-7[U-13C; U-15N]2
5 %D2O-8[U-2H]2
20 %DMSO-9[U-2H]2
20 mMpentosan polysulfate-102
10 mMsodium acetate-112
75 %H2O-122
0.5 mMoctarepeats-13[U-13C; U-15N]3
80 %D2O-14[U-2H]3
20 %DMSO-15[U-2H]3
20 mMpentosan polysulfate-163
10 mMsodium acetate-173
試料状態pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurgeometry optimization
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 285 / NOE intraresidue total count: 81 / NOE medium range total count: 59 / NOE sequential total count: 145
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0.2 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.99 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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