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- PDB-2kjc: Solution structure of CzrA in the Zn(II) state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kjc
タイトルSolution structure of CzrA in the Zn(II) state
要素CzrA protein
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / CzrA / DNA-binding / Transcription / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Bacterial regulatory protein, arsR family / ArsR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...: / Bacterial regulatory protein, arsR family / ArsR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ArsR family transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsminimized average, model 21
データ登録者Arunkumar, A.I. / Campanello, G.C. / Giedroc, D.P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Solution structure of a paradigm ArsR family zinc sensor in the DNA-bound state
著者: Arunkumar, A.I. / Campanello, G.C. / Giedroc, D.P.
履歴
登録2009年5月27日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CzrA protein
B: CzrA protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9832
ポリマ－23,9832
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1minimized average

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要素

#1: タンパク質 CzrA protein / Repressor protein


分子量: 11991.708 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: rzcA, CzrA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O85142

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: CzrA
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D 13C/13C edited methyl NOESY
1313D 1H-15N TROSY-NOESY
1422D IPAP-HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.2 mM Zn(II), 10 mM [U-99% 2H] MES, 100 mM sodium chloride, 1.2 mM U-[2H,13C,15N] Iled1-[CH3] Leu, Val-[CH3/CH3] CzrA, 0.04 % DSS, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
21.2 mM Zn(II), 10 mM [U-99% 2H] MES, 100 mM sodium chloride, 6 % Acrylamide gel media, 0.8 mM [U-100% 2H, 15N] CzrA, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMZn(II)-11
10 mMMES-2[U-99% 2H]1
100 mMsodium chloride-31
1.2 mMCzrA-4U-[2H,13C,15N] Iled1-[CH3] Leu, Val-[CH3/CH3]1
0.04 %DSS-51
1.2 mMZn(II)-62
10 mMMES-7[U-99% 2H]2
100 mMsodium chloride-82
6 %Acrylamide gel media-92
0.8 mMCzrA-10[U-100% 2H, 15N]2
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA9001
Varian INOVAVarianINOVA8002
Varian INOVAVarianINOVA6003

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解析

NMR software名称: XPLOR-NIH / 開発者: Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore / 分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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