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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kif
タイトルSolution NMR structure of an O6-methylguanine DNA methyltransferase family protein from Vibrio parahaemolyticus. Northeast Structural Genomics Consortium target VpR247.
要素O6-methylguanine-DNA methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Methods Development / solution NMR structure / DNA base repair / O6 methylguanine methyltransferase / NESG / PSI-2 / Methyltransferase / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity / DNA repair / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, DNA binding / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, DNA binding domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, DNA binding domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA base-flipping protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio parahaemolyticus AQ3810 (腸炎ビブリオ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Aramini, J.M. / Belote, R.L. / Ciccosanti, C.T. / Jiang, M. / Rost, B. / Nair, R. / Swapna, G.V.T. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. ...Aramini, J.M. / Belote, R.L. / Ciccosanti, C.T. / Jiang, M. / Rost, B. / Nair, R. / Swapna, G.V.T. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural basis of O6-alkylguanine recognition by a bacterial alkyltransferase-like DNA repair protein.
著者: Aramini, J.M. / Tubbs, J.L. / Kanugula, S. / Rossi, P. / Ertekin, A. / Maglaqui, M. / Hamilton, K. / Ciccosanti, C.T. / Jiang, M. / Xiao, R. / Soong, T.T. / Rost, B. / Acton, T.B. / Everett, ...著者: Aramini, J.M. / Tubbs, J.L. / Kanugula, S. / Rossi, P. / Ertekin, A. / Maglaqui, M. / Hamilton, K. / Ciccosanti, C.T. / Jiang, M. / Xiao, R. / Soong, T.T. / Rost, B. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Pegg, A.E. / Tainer, J.A. / Montelione, G.T.
履歴
登録2009年5月3日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: O6-methylguanine-DNA methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3411
ポリマ－12,3411
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 O6-methylguanine-DNA methyltransferase / Methylated-DNA-protein-cysteine methyltransferase-related protein


分子量: 12341.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus AQ3810 (腸炎ビブリオ)
遺伝子: A79_1377, VP0951 / プラスミド: VpR247-21.9 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)MGK / 参照: UniProt: A6B4U8

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Structure solved with Bruker 800 MHz NOESY data on a 5-mm cyroprobe
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D simultaneous CN NOESY
1413D 1H-13C NOESY aromatic
1523D HNCO
1623D HN(CA)CO
1723D HNCA
1823D CBCA(CO)NH
1923D HN(CA)CB
11023D HBHA(CO)NH
11123D (H)CCH-COSY aliphatic
11223D (H)CCH-TOCSY aliphatic
11323D (H)CCH-TOCSY aliphatic
11423D HNHA
11523D HN(CO)CA
11622D 1H-15N hetNOE
11731D 1H-15N T1 and T2
11832D 1H-13C HSQC high res. (L/V methyl stereoassignment)
NMR実験の詳細Text: THE PROTEIN IS MONOMERIC BY GEL FILTRATION CHROMATOGRAPHY, STATIC LIGHT SCATTERING AND 15N T1/T2 RELAXATION. THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE RESONANCE NMR SPECTROSCOPY. SPECTRA FOR ...Text: THE PROTEIN IS MONOMERIC BY GEL FILTRATION CHROMATOGRAPHY, STATIC LIGHT SCATTERING AND 15N T1/T2 RELAXATION. THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE RESONANCE NMR SPECTROSCOPY. SPECTRA FOR BACKBONE AND SIDE CHAIN ASSIGNMENTS WERE OBTAINED ON A 1.7-MM MICROCRYOPROBE AT 600 MHZ. ALL NOESY DATA WERE ACQUIRED AT 800 MHZ USING A 5-MM CROYOPROBE. BACKBONE ASSIGNMENTS WERE MADE USING AUTOASSIGN AND PINE, AND THE SIDE CHAIN ASSIGNMENTS WERE COMPLETED MANUALLY. AUTOMATIC NOESY ASSIGNMENTS WERE DETERMINED USING CYANA 3.0. BACKBONE (PHI/PSI) DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS WERE OBTAINED FROM TALOS. HYDROGEN BOND CONSTRAINTS WERE DETERMINED USING BOTH AUTOSTRUCTURE AND CYANA, AND WERE APPLIED ONLY IN THE FINAL REFINEMENT STAGE (CNS) OF THE STRUCTURE DETERMINATION. ROTAMER STATES OF SPECIFIC ORDERED RESIDUES WERE CONSTRAINED IN THE FINAL STAGE OF THE STRUCTURE REFINEMENT BASED ON PROCHECK AND MOLPROBITY. COMPLETENESS OF NMR ASSIGNMENTS (EXCLUDING C-TERMINAL HHHHHH): BACKBONE, 97.6%, SIDE CHAIN, 98.3%, AROMATICS, 100%, STEREOSPECIFIC METHYL, 100%, STEREOSPECIFIC SIDE CHAIN NH2: 100%. FINAL STRUCTURE QUALITY FACTORS (FOR RESIDUES 1 TO 102, PSVS 1.3), WHERE ORDERED RESIDUES [S(PHI) + S(PSI) > 1.8] COMPRISE: 2-32,35-47,50-100: (A) RMSD (ORDERED RESIDUES): BB, 0.5, HEAVY ATOM, 0.8. (B) RAMACHANDRAN STATISTICS FOR ORDERED RESIDUES: MOST FAVORED, 91.5%, ADDITIONALLY ALLOWED, 8.5%, GENEROUSLY ALLOWED, 0.0%, DISALLOWED, 0.0%. (C) PROCHECK SCORES FOR ORDERED RESIDUES (RAW/Z-): PHI-PSI, -0.13/-0.20, ALL, -0.02/-0.12. (D) MOLPROBITY CLASH SCORE (RAW/Z-): 18.92/-1.72 (E) RPF SCORES FOR GOODNESS OF FIT TO NOESY DATA (RESIDUES 1-102): RECALL, 0.974, PRECISION, 0.937, F-MEASURE, 0.955, DP-SCORE, 0.835. (F) NUMBER OF CLOSE CONTACTS PER 20 MODELS: 6. THE C-TERMINAL HIS TAG RESIDUES OF THE PROTEIN (HHHHHH) WERE NOT INCLUDED IN THE STRUCTURE CALCULATIONS AND HAVE BEEN OMITTED FROM THIS DEPOSITION. COORDINATES FOR THE FOLLOWING RESIDUES ARE NOT WELL DETERMINED [S(PHI) + S(PSI) < 1.8]: 1,33-34,48-49,101-102.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.94 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] VpR247, 20 mM MES, 200 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 50 uM DSS, 5 mM Shigemi, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.94 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] VpR247, 20 mM MES, 200 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 50 uM DSS, 1.7 mM microtube, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.92 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] VpR247, 20 mM MES, 200 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 50 uM DSS, 1.7 mM microtube, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.94 mMVpR247[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMMES1
200 mMsodium chloride1
5 mMcalcium chloride1
10 mMDTT1
0.02 %sodium azide1
50 uMDSS1
5 mMShigemi1
0.94 mMVpR247[U-100% 13C; U-100% 15N]2
20 mMMES2
200 mMsodium chloride2
5 mMcalcium chloride2
10 mMDTT2
0.02 %sodium azide2
50 uMDSS2
1.7 mMmicrotube2
0.92 mMVpR247[U-5% 13C; U-100% 15N]3
20 mMMES3
200 mMsodium chloride3
5 mMcalcium chloride3
10 mMDTT3
0.02 %sodium azide3
50 uMDSS3
1.7 mMmicrotube3
試料状態イオン強度: 0.2 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospinデータ解析
NMRPipe2.3Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Sparky3.112Goddardデータ解析
Sparky3.112Goddardpeak picking
PINE1Bahrami, Markley, Assadi, and Eghbalniachemical shift assignment
AutoAssign2.4.0Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
AutoAssign2.4.0Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelione構造検証
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
AutoStructure2.2.1Huang, Tejero, Powers and Montelionerpf analysis
PSVS1.3Bhattacharya and Montelionestructure quality analysis
MolProbity3.15Richardsonstructure quality analysis
PdbStat5.1Tejero and Montelionepdb coordinate analysis
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: THE FINAL STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 2448 CONFORMATIONALLY-RESTRICTING NOE-DERIVED DISTANCE CONSTRAINTS, 125 DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS, AND 62 HYDROGEN BOND CONSTRAINTS (26.1 ...詳細: THE FINAL STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 2448 CONFORMATIONALLY-RESTRICTING NOE-DERIVED DISTANCE CONSTRAINTS, 125 DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS, AND 62 HYDROGEN BOND CONSTRAINTS (26.1 CONSTRAINTS PER RESIDUE, 7.9 LONG RANGE CONSTRAINTS PER RESIDUE, COMPUTED FOR RESIDUES 1 TO 102 BY PSVS 1.3). STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED ITERATIVELY USING CYANA 3.0. THE 20 STRUCTURES OUT OF 100 WITH THE LOWEST TARGET FUNCTION WERE FURTHER REFINED BY RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS/ENERGY MINIMIZATION IN EXPLICIT WATER (CNS) WITH PARAM19, AND USING NEUTRAL HISTIDINE TAUTOMERS (NE2H FORM) AT POSITIONS 13 AND 38.
NMR constraintsNOE constraints total: 2448 / NOE intraresidue total count: 621 / NOE long range total count: 787 / NOE medium range total count: 493 / NOE sequential total count: 547 / Hydrogen bond constraints total count: 62 / Protein chi angle constraints total count: 5 / Protein other angle constraints total count: 11 / Protein phi angle constraints total count: 54 / Protein psi angle constraints total count: 55
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 4.6 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.31 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.01 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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