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- PDB-2ki6: The FGF1-S100A13-C2A hetero-hexameric complex structure: A compon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ki6
タイトルThe FGF1-S100A13-C2A hetero-hexameric complex structure: A component in the non-classical pathway for FGF1 secretion
要素
  • (Protein S100-A13) x 2
  • Heparin-binding growth factor 1
  • Synaptotagmin-1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / FGF1-S100A13-C2A hetero-hexameric complex / FGF1 / S100A13 / C2A / Calcium / Cell junction / Cytoplasmic vesicle / Glycoprotein / Lipoprotein / Membrane / Metal-binding / Palmitate / Phosphoprotein / Synapse / Transmembrane / Acetylation / Alternative splicing / Angiogenesis / Developmental protein / Differentiation / Growth factor / Heparin-binding / Mitogen / Polymorphism
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-sculpted acetylcholine transport vesicle membrane / Toxicity of botulinum toxin type G (botG) / clathrin-sculpted glutamate transport vesicle membrane / synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / calcium ion sensor activity / regulation of regulated secretory pathway ...clathrin-sculpted acetylcholine transport vesicle membrane / Toxicity of botulinum toxin type G (botG) / clathrin-sculpted glutamate transport vesicle membrane / synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / calcium ion sensor activity / regulation of regulated secretory pathway / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / spontaneous neurotransmitter secretion / clathrin-sculpted gamma-aminobutyric acid transport vesicle membrane / clathrin-sculpted monoamine transport vesicle membrane / dense core granule / chromaffin granule membrane / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / positive regulation of interleukin-1 alpha production / mesonephric epithelium development / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / branch elongation involved in ureteric bud branching / regulation of endothelial tube morphogenesis / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / FGFR3b ligand binding and activation / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / vesicle docking / regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / exocytic vesicle / Signaling by activated point mutants of FGFR3 / FGFR3c ligand binding and activation / positive regulation of dopamine secretion / protein heterooligomerization / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / FGFR2b ligand binding and activation / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / fibroblast growth factor receptor binding / RAGE receptor binding / FGFR2c ligand binding and activation / Activated point mutants of FGFR2 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / FGFR4 ligand binding and activation / positive regulation of dendrite extension / FGFR1b ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / regulation of exocytosis / neurotransmitter secretion / Signaling by activated point mutants of FGFR1 / FGFR1c ligand binding and activation / organ induction / Downstream signaling of activated FGFR1 / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / calcium-dependent phospholipid binding / neuron projection terminus / positive regulation of hepatocyte proliferation / Neurexins and neuroligins / S100 protein binding / syntaxin-1 binding / positive regulation of intracellular signal transduction / syntaxin binding / Signaling by FGFR2 IIIa TM / low-density lipoprotein particle receptor binding / clathrin binding / mast cell degranulation / PI-3K cascade:FGFR3 / regulation of dopamine secretion / fibroblast growth factor binding / PI-3K cascade:FGFR2 / positive regulation of sprouting angiogenesis / PI-3K cascade:FGFR4 / phosphatidylserine binding / PI-3K cascade:FGFR1 / positive regulation of cell division / excitatory synapse / synaptic vesicle endocytosis / detection of calcium ion / PI3K Cascade / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / anatomical structure morphogenesis / positive regulation of synaptic transmission / SHC-mediated cascade:FGFR3 / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR3 signaling / FRS-mediated FGFR2 signaling / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / FRS-mediated FGFR1 signaling / Signaling by FGFR2 in disease / Hsp70 protein binding / cellular response to calcium ion / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / Signaling by FGFR1 in disease / activation of protein kinase B activity / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse
類似検索 - 分子機能
Synaptotagmin / HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / Cytokine IL1/FGF / C2 domain ...Synaptotagmin / HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / Cytokine IL1/FGF / C2 domain / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain profile. / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / EF-hand / Recoverin; domain 1 / C2 domain superfamily / EF-hand domain pair / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibroblast growth factor 1 / Synaptotagmin-1 / Protein S100-A13
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsfewest violations, model 1
データ登録者Krishna, S.M. / Rani, S.G. / Yu, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: The heterohexameric complex structure, a component in the non-classical pathway for fibroblast growth factor 1 (FGF1) secretion.
著者: Mohan, S.K. / Rani, S.G. / Yu, C.
履歴
登録2009年4月28日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Synaptotagmin-1
B: Heparin-binding growth factor 1
C: Protein S100-A13
D: Protein S100-A13
E: Heparin-binding growth factor 1
F: Synaptotagmin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,7816
ポリマ－82,7816
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)18 / 2000structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Synaptotagmin-1 / Synaptotagmin I / SytI / p65


分子量: 14783.882 Da / 分子数: 2 / 断片: C2A domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: purified from heparin affinity column / 遺伝子: SYT1, SVP65, SYT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P21579
#2: タンパク質 Heparin-binding growth factor 1 / HBGF-1 / Acidic fibroblast growth factor / aFGF / Beta-endothelial cell growth factor / ECGF-beta


分子量: 15118.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: purified from GST column / 遺伝子: FGF1, FGFA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P05230
#3: タンパク質 Protein S100-A13 / S100 calcium-binding protein A13


分子量: 11488.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: purified from GST column / 遺伝子: S100A13 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99584
#4: タンパク質 Protein S100-A13 / S100 calcium-binding protein A13


分子量: 11489.187 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: purified from GST column / 遺伝子: S100A13 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99584
配列の詳細THE CHAIN C AND D ARE S100A13 MONOMERS; BUT IN CHAIN C AND D THE 94, 97 AND 98 RESIDUES ARE ...THE CHAIN C AND D ARE S100A13 MONOMERS; BUT IN CHAIN C AND D THE 94, 97 AND 98 RESIDUES ARE DIFFERENT ISOMERS (DLY OR LYS).

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: The FGF1-S100A13-C2A hetero-hexameric complex structure
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1413D HNCA
1513D CBCA(CO)NH
1613D C(CO)NH
1713D HBHA(CO)NH
1813D (H)CCH-TOCSY
1913D 1H-15N NOESY
11013D 1H-13C NOESY
11113D-13C-filter NOESY
11213D-15N-filter NOESY
11313D H(CCO)NH
NMR実験の詳細Text: C2A(15N&13C labeled) mixed with unlabeled FGF1-S100A13 complex buffer condition (25mM PBD, 100mM NaCl and 2mM CaCl2)

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試料調製

詳細内容: 1.0mM [U-100% 13C; U-100% 15N] C2A domain of Syt1-1, 1.0mM FGF1-2, 1.0mM S100A13-3, S100A13-4, 25mM sodium phosphate-5, 100mM sodium chloride-6, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMC2A domain of Syt1-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1.0 mMFGF1-21
1.0 mMS100A13-31
1.0 mMS100A13-41
25 mMsodium phosphate-51
100 mMsodium chloride-61
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: Avance / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA1.2 &2.2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
CNSSOLVE1.1 & 1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNSSOLVE1.1 & 1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
SPARKYGoddardchemical shift assignment
SPARKYGoddardデータ解析
SPARKYGoddardpeak picking
TOPSPIN1.3Bruker Biospincollection
TOPSPIN1.3Bruker Biospin解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: CNS
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 2000 / 登録したコンフォーマーの数: 18 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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