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万見
- PDB-2ki2: Solution Structure of ss-DNA Binding Protein 12RNP2 Precursor, HP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ki2
タイトルSolution Structure of ss-DNA Binding Protein 12RNP2 Precursor, HP0827(O25501_HELPY) form Helicobacter pylori
要素Ss-DNA binding protein 12RNP2
キーワードRNA BINDING PROTEIN/ss-DNA BINDING PROTEIN / HP0827 / Helicobacter Pylori / RRM / RNP1 / RNP2 / ss-DNA binding proteins / RNA BINDING PROTEIN-ss-DNA BINDING PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


: / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ss-DNA binding protein 12RNP2
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法溶液NMR / distance geometry
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Ma, C. / Lee, J. / Kim, J. / Park, S. / Kwon, A. / Lee, B.
引用ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2009
タイトル: NMR solution structure of HP0827 (O25501_HELPY) from Helicobacter pylori: model of the possible RNA-binding site
著者: Jang, S.B. / Ma, C. / Lee, J.Y. / Kim, J.H. / Park, S.J. / Kwon, A.R. / Lee, B.J.
履歴
登録2009年4月20日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ss-DNA binding protein 12RNP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4701
ポリマ－10,4701
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Ss-DNA binding protein 12RNP2


分子量: 10469.880 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: HP_0827 / プラスミド: pET-21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O25501

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HN(COCA)CB
1213D HCACO
1313D 1H-13C NOESY
1413D 1H-15N NOESY
1513D HNHA
1613D C(CO)NH
1713D HNCO
1813D HNCA
1913D HN(CA)CB
11013D HBHA(CO)NH
11113D HN(CO)CA
11213D H(CCO)NH
11313D (H)CCH-TOCSY
11412D 1H-15N HSQC
11512D 1H-13C HSQC
11612D 1H-1H TOCSY
11712D 1H-1H NOESY
11813D CBCA(CO)NH

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試料調製

詳細内容: 1mM [U-98% 13C; U-98% 15N] HP0827-1, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 1 mM / 構成要素: HP0827-1 / Isotopic labeling: [U-98% 13C; U-98% 15N]
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 900 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges, Read構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges, Read精密化
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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