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万見
- PDB-2kh2: Solution structure of a scFv-IL-1B complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kh2
タイトルSolution structure of a scFv-IL-1B complex
要素
  • Interleukin-1 beta
  • scFv
キーワードCytokine/IMMUNE SYSTEM / scFv / single chain Fv / IL-1B / antibody / Cytokine / Inflammatory response / Mitogen / Pyrogen / Secreted / Cytokine-IMMUNE SYSTEM COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of T cell mediated immunity / positive regulation of cell adhesion molecule production / negative regulation of adiponectin secretion / monocyte aggregation / negative regulation of lipid metabolic process / smooth muscle adaptation / positive regulation of lipid catabolic process / negative regulation of D-glucose transmembrane transport / regulation of nitric-oxide synthase activity / hyaluronan biosynthetic process ...positive regulation of T cell mediated immunity / positive regulation of cell adhesion molecule production / negative regulation of adiponectin secretion / monocyte aggregation / negative regulation of lipid metabolic process / smooth muscle adaptation / positive regulation of lipid catabolic process / negative regulation of D-glucose transmembrane transport / regulation of nitric-oxide synthase activity / hyaluronan biosynthetic process / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / positive regulation of complement activation / : / cellular response to interleukin-17 / positive regulation of RNA biosynthetic process / positive regulation of tight junction disassembly / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of gap junction assembly / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / vascular endothelial growth factor production / positive regulation of prostaglandin secretion / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / regulation of defense response to virus by host / fever generation / positive regulation of fever generation / regulation of establishment of endothelial barrier / CLEC7A/inflammasome pathway / Interleukin-1 processing / negative regulation of synaptic transmission / response to carbohydrate / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / interleukin-1 receptor binding / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of p38MAPK cascade / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / interleukin-1-mediated signaling pathway / response to ATP / Interleukin-10 signaling / positive regulation of cell division / regulation of neurogenesis / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of MAP kinase activity / Pyroptosis / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of lipid catabolic process / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of T cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of glial cell proliferation / JNK cascade / neutrophil chemotaxis / embryo implantation / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of interleukin-2 production / response to interleukin-1 / positive regulation of mitotic nuclear division / regulation of insulin secretion / secretory granule / positive regulation of protein export from nucleus / cytokine activity / positive regulation of interleukin-8 production / astrocyte activation / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cytokine-mediated signaling pathway / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / Interleukin-1 signaling / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / integrin binding / cellular response to xenobiotic stimulus / cell-cell signaling / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / response to lipopolysaccharide / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / lysosome / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAPK cascade / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / positive regulation of cell migration / inflammatory response / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 conserved site / Interleukin-1 signature. / Interleukin-1 homologues / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) ...Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 conserved site / Interleukin-1 signature. / Interleukin-1 homologues / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-1 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Wilkinson, I.C. / Hall, C.J. / Veverka, V. / Muskett, F.W. / Stephens, P.E. / Taylor, R.J. / Henry, A.J. / Carr, M.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: High resolution NMR-based model for the structure of a scFv-IL-1beta complex: potential for NMR as a key tool in therapeutic antibody design and development.
著者: Wilkinson, I.C. / Hall, C.J. / Veverka, V. / Shi, J.Y. / Muskett, F.W. / Stephens, P.E. / Taylor, R.J. / Henry, A.J. / Carr, M.D.
履歴
登録2009年3月23日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-1 beta
B: scFv


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7892
ポリマ－44,7892
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)77 / 77all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-1 beta / IL-1 beta / Catabolin


分子量: 17395.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL1B, IL1F2 / プラスミド: pet-21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01584
#2: 抗体 scFv


分子量: 27393.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pTTod / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1132D 1H-15N HSQC
1242D 1H-15N HSQC
1352D 1H-15N HSQC
1462D 1H-15N HSQC
1513D CBCA(CO)NH
1623D CBCA(CO)NH
1713D HNCO
1823D HNCO
1913D HNCA
11023D HNCA
11113D HN(CA)CB
11223D HN(CA)CB
11313D CBCA(CO)NH
11423D CBCA(CO)NH
11533D 1H-15N NOESY
11643D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1400-700 uM [U-13C; U-15N; U-2H] IL1B, 400-700 uM scFv, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
2400-700 uM [U-13C; U-15N; U-2H] scFv, 400-700 uM IL1B, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
3200-500 uM [U-15N] IL1B, 200-500 uM scFv, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
4600 uM [U-15N] scFv, 600 uM IL1B, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
5250 uM [U-15N] IL1B, 250 uM scFv, 4 mg/mL Pf1 phage, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
6250 uM [U-15N] scFv, 250 uM IL1B, 4 mg/mL Pf1 phage, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
uMIL1B[U-13C; U-15N; U-2H]400-7001
uMscFv400-7001
uMscFv[U-13C; U-15N; U-2H]400-7002
uMIL1B400-7002
uMIL1B[U-15N]200-5003
uMscFv200-5003
600 uMscFv[U-15N]4
600 uMIL1B4
250 uMIL1B[U-15N]5
250 uMscFv5
4 mg/mLPf1 phage5
250 uMscFv[U-15N]6
250 uMIL1B6
4 mg/mLPf1 phage6
試料状態イオン強度: 150 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2Bruker Biospincollection
TopSpin2Bruker Biospin解析
Sparky3.11Goddardchemical shift assignment
Sparky3.11Goddardpeak picking
HADDOCK2Utrecht University構造決定
HADDOCK2Utrecht University精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Refined as part of the HADDOCK docking protocol
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 77 / 登録したコンフォーマーの数: 77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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