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万見
- PDB-2kg7: Structure and features of the complex formed by the tuberculosis ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kg7
タイトルStructure and features of the complex formed by the tuberculosis virulence factors Rv0287 and Rv0288
要素
  • ESAT-6-like protein esxH
  • Uncharacterized protein esxG (PE family protein)
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Inhibition of membrane repair / : / phagocytic vesicle lumen / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / extracellular region / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
ESAT-6-like superfamily / Type VII secretion system ESAT-6-like / Proteins of 100 residues with WXG / ESAT-6-like / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ESAT-6-like protein EsxG / ESAT-6-like protein EsxH / ESAT-6-like protein EsxH
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 28
データ登録者Ilghari, D. / Kirsty, L.L. / Waters, L.C. / Veverka, V.L. / Philip, R.S. / Carr, M.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Solution structure of the M. tuberculosis EsxG-EsxH complex: functional implications and comparisons with other M. tuberculosis Esx family complexes
著者: Ilghari, D. / Lightbody, K.L. / Veverka, V. / Waters, L.C. / Muskett, F.W. / Renshaw, P.S. / Carr, M.
履歴
登録2009年3月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein esxG (PE family protein)
B: ESAT-6-like protein esxH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2702
ポリマ－20,2702
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein esxG (PE family protein)


分子量: 9785.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: esxG, MT0300, Rv0287 / プラスミド: pLeics-01 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O53692
#2: タンパク質 ESAT-6-like protein esxH / 10 kDa antigen CFP7 / CFP-7 / Low molecular weight protein antigen 7 / Protein TB10.4


分子量: 10483.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: esxH, cfp7, Rv0288, MT0301, MTV035.16 / プラスミド: pLeics-01 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A568, UniProt: P9WNK3*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1232D 1H-13C HSQC
1372D 1H-1H TOCSY
1472D 1H-1H NOESY
1513D 1H-15N NOESY
1613D 1H-15N TOCSY
1733D (H)CCH-TOCSY
1833D 1H-13C NOESY
1953D HNCA
11053D HN(CA)CB
11153D CBCA(CO)NH
1125TROSY HN(CO)CA
11322D 1H-15N HSQC
11442D 1H-13C HSQC
11523D 1H-15N NOESY
11623D 1H-15N TOCSY
11743D (H)CCH-COSY
11843D 1H-13C NOESY
11963D HNCA
12063D HN(CA)CB
12163D CBCA(CO)NH
1226TROSY HN(CO)CA

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.7-1mM [U-98% 15N] Labelled Rv0287. unlabelled Rv0288, Sodium phosphate, NaCl, PMSF, Sodium Azide-1, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.7-1mM [U-98% 15N] Labelled Rv0288. unlabelled Rv0287, Sodium phosphate, NaCl, PMSF, Sodium Azide-2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.7-1mM [U-99% 13C] Labelled Rv0287. unlabelled Rv0288, Sodium phosphate, NaCl, PMSF, Sodium Azide-3, 100% D2O100% D2O
40.7-1mM [U-99% 13C] Labelled Rv0288. unlabelled Rv0287, Sodium phosphate, NaCl, PMSF, Sodium Azide-4, 100% D2O100% D2O
50.7-1mM [U-99% 13C; U-98% 15N] Labelled Rv0287. unlabelled Rv0288, Sodium phosphate, NaCl, PMSF, Sodium Azide-5, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
60.7-1mM [U-99% 13C; U-98% 15N] Labelled Rv0288. unlabelled Rv0287, Sodium phosphate, NaCl, PMSF, Sodium Azide-6, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
70.7-1mM Unlabelled Unlabelled Rv0287. unlabelled Rv0288, Sodium phosphate, NaCl, PMSF, Sodium Azide-7, 100% D2O100% D2O
試料
単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMLabelled Rv0287. unlabelled Rv0288, Sodium phosphate, NaCl, PMSF, Sodium Azide-1[U-98% 15N]0.7-11
mMLabelled Rv0288. unlabelled Rv0287, Sodium phosphate, NaCl, PMSF, Sodium Azide-2[U-98% 15N]0.7-12
mMLabelled Rv0287. unlabelled Rv0288, Sodium phosphate, NaCl, PMSF, Sodium Azide-3[U-99% 13C]0.7-13
mMLabelled Rv0288. unlabelled Rv0287, Sodium phosphate, NaCl, PMSF, Sodium Azide-4[U-99% 13C]0.7-14
mMLabelled Rv0287. unlabelled Rv0288, Sodium phosphate, NaCl, PMSF, Sodium Azide-5[U-99% 13C; U-98% 15N]0.7-15
mMLabelled Rv0288. unlabelled Rv0287, Sodium phosphate, NaCl, PMSF, Sodium Azide-6[U-99% 13C; U-98% 15N]0.7-16
mMUnlabelled Rv0287. unlabelled Rv0288, Sodium phosphate, NaCl, PMSF, Sodium Azide-7Unlabelled0.7-17
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002
Bruker DRXBrukerDRX6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinBruker Topspin 2.0Bruker Biospincollection
TopSpinBruker Topspin 2.0Bruker Biospin解析
Sparky3.11Goddardchemical shift assignment
Sparky3.11Goddardpeak picking
ProcheckNMRLaskowski, MacArthurデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler, Wuthrich構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler, Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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