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万見
- PDB-2kfx: Structure of the N-terminal domain of human cardiac troponin C bo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kfx
タイトルStructure of the N-terminal domain of human cardiac troponin C bound to calcium ion and to the inhibitor W7
要素Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / calcium regulation / striated muscle / cardiac / troponin / W7 / cardiotonic drugs / Acetylation / Calcium / Cardiomyopathy / Disease mutation / Muscle protein / Polymorphism
機能・相同性
機能・相同性情報


diaphragm contraction / regulation of ATP-dependent activity / regulation of muscle filament sliding speed / troponin T binding / cardiac Troponin complex / troponin complex / regulation of muscle contraction / transition between fast and slow fiber / Striated Muscle Contraction / muscle filament sliding ...diaphragm contraction / regulation of ATP-dependent activity / regulation of muscle filament sliding speed / troponin T binding / cardiac Troponin complex / troponin complex / regulation of muscle contraction / transition between fast and slow fiber / Striated Muscle Contraction / muscle filament sliding / response to metal ion / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / troponin I binding / skeletal muscle contraction / cardiac muscle contraction / sarcomere / calcium-dependent protein binding / actin filament binding / calcium ion binding / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
EF-hand domain pair / : / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-WW7 / Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Hoffman, R.M.B. / Sykes, B.D.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Structure of the inhibitor W7 bound to the regulatory domain of cardiac troponin C.
著者: Hoffman, R.M. / Sykes, B.D.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Binding of cardiac troponin-I147-163 induces a structural opening in human cardiac troponin-C.
著者: Li, M.X. / Spyracopoulos, L. / Sykes, B.D.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Structure of the regulatory N-domain of human cardiac troponin C in complex with human cardiac troponin I147-163 and bepridil.
著者: Wang, X. / Li, M.X. / Sykes, B.D.
履歴
登録2009年2月28日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
T: Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4193
ポリマ－10,0381
非ポリマー3812
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles / TN-C


分子量: 10038.173 Da / 分子数: 1 / 変異: C35S, C84S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNNC1, TNNC / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63316
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-WW7 / N-(6-AMINOHEXYL)-5-CHLORO-1-NAPHTHALENESULFONAMIDE / W-7


分子量: 340.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H21ClN2O2S

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Structure of the N-terminal domain of human cardiac troponin C bound to the inhibitor W7 determined through isotopically edited and filtered transferred NOEs. This is based on the initial ...詳細: Structure of the N-terminal domain of human cardiac troponin C bound to the inhibitor W7 determined through isotopically edited and filtered transferred NOEs. This is based on the initial coordinates of 1LXF, the intraprotein conformational restraints of 1MXL, and target geometries for a calcium-binding loop. The amine moiety of W7 is charged in this structure determination.
NMR実験タイプ: 3D-{1H,12C}-filtered-{1H,13C}-edited NOESY

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試料調製

詳細内容: 0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] cNTnC, 4.9 mM CALCIUM ION, 0.8 mM N-(6-AMINOHEXYL)-5-CHLORO-1-NAPHTHALENESULFONAMIDE, 10 mM imidazole, 83 mM [U-99% 2H] DSS, 100% D2O
溶媒系: 100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMcNTnC[U-99% 13C; U-99% 15N]1
4.9 mMCALCIUM ION1
0.8 mMN-(6-AMINOHEXYL)-5-CHLORO-1-NAPHTHALENESULFONAMIDE1
10 mMimidazole1
83 mMDSS[U-99% 2H]1
試料状態pH: 6.75 / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VnmrJVariancollection
VnmrJVarian解析
Xplor-NIH2.21Schwieters, C. et al.精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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