[日本語] English
万見
- PDB-2kfk: Solution structure of Bem1p PB1 domain complexed with Cdc24p PB1 ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kfk
タイトルSolution structure of Bem1p PB1 domain complexed with Cdc24p PB1 domain
要素
  • Bud emergence protein 1
  • Cell division control protein 24
キーワードSIGNALING PROTEIN / PB1 / budding / yeast / Phox
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / chemotropism / Cdc24p-Far1p-Gbetagamma complex / positive regulation of vacuole fusion, non-autophagic / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / septin ring organization / conjugation with cellular fusion / cell morphogenesis involved in conjugation with cellular fusion / division septum / protein localization to cell cortex ...regulation of pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / chemotropism / Cdc24p-Far1p-Gbetagamma complex / positive regulation of vacuole fusion, non-autophagic / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / septin ring organization / conjugation with cellular fusion / cell morphogenesis involved in conjugation with cellular fusion / division septum / protein localization to cell cortex / response to pheromone triggering conjugation with cellular fusion / site of polarized growth / PAR polarity complex / pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / cellular bud site selection / incipient cellular bud site / cellular bud tip / maintenance of protein location / regulation of exit from mitosis / cellular bud neck / regulation of Rho protein signal transduction / mating projection tip / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / establishment of cell polarity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell cortex / protein-macromolecule adaptor activity / molecular adaptor activity / cytoskeleton / intracellular signal transduction / mitochondrion / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cdc24/Scd1, N-terminal / Rho guanine nucleotide exchange factor Cdc24/Scd1, PH domain / : / CDC24 Calponin / Pleckstrin homology domain / Bem1/Scd2, SH3 domain 1 / Bem1/Scd2, SH3 domain 2 / Bem1/Scd2, PX domain / : / PB1 domain ...Cdc24/Scd1, N-terminal / Rho guanine nucleotide exchange factor Cdc24/Scd1, PH domain / : / CDC24 Calponin / Pleckstrin homology domain / Bem1/Scd2, SH3 domain 1 / Bem1/Scd2, SH3 domain 2 / Bem1/Scd2, PX domain / : / PB1 domain / PB1 domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / : / PB1 domain profile. / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / Calponin homology domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Ubiquitin-like (UB roll) / PH-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division control protein 24 / Bud emergence protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Kobashigawa, Y. / Yoshinaga, S. / Tandai, T. / Ogura, K. / Inagaki, F.
引用ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2009
タイトル: NMR structure of the heterodimer of Bem1 and Cdc24 PB1 domains from Saccharomyces cerevisiae
著者: Ogura, K. / Tandai, T. / Yoshinaga, S. / Kobashigawa, Y. / Kumeta, H. / Ito, T. / Sumimoto, H. / Inagaki, F.
履歴
登録2009年2月23日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bud emergence protein 1
B: Cell division control protein 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0312
ポリマ－19,0312
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Bud emergence protein 1 / Suppressor of RHO3 protein 1


分子量: 9037.458 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 477-551 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29366
#2: タンパク質 Cell division control protein 24 / Calcium regulatory protein


分子量: 9993.317 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 761-854 / Mutation: DELETE UNP RESIDUES 770-777, 807-809 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11433

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1223D 1H-15N NOESY
1313D 1H-13C NOESY
1423D 1H-13C NOESY
1533D 1H-15N NOESY

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM [U-98% 13C; U-98% 15N] Bem1p-1, 1mM Cdc24p-2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21mM Bem1p-3, 1mM [U-98% 13C; U-98% 15N] Cdc24p-4, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31mM Bem1p-5, 1mM [U-2H] Cdc24p-6, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMBem1p-1[U-98% 13C; U-98% 15N]1
1 mMCdc24p-21
1 mMBem1p-32
1 mMCdc24p-4[U-98% 13C; U-98% 15N]2
1 mMBem1p-53
1 mMCdc24p-6[U-2H]3
試料状態イオン強度: 0.15 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANA2Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る