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- PDB-5zwz: Crystal structure of Arabidopsis thaliana AGDP1 AGD34 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zwz
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana AGDP1 AGD34
要素Agenet domain-containing protein
キーワードGENE REGULATION / AGENET domain / AGDP1 / epigenetics / H3K9me2
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / chromosome, centromeric region / heterochromatin / : / histone reader activity / histone binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Agenet domain, plant type / Tudor-like domain present in plant sequences. / Agenet-like domain / Agenet domain / SH3 type barrels. - #140 / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein AGENET DOMAIN (AGD)-CONTAINING P1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Du, X. / Du, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (China)2016YFA0503200 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Arabidopsis AGDP1 links H3K9me2 to DNA methylation in heterochromatin
著者: Zhang, C. / Du, X. / Tang, K. / Yang, Z. / Pan, L. / Zhu, P. / Luo, J. / Jiang, Y. / Zhang, H. / Wan, H. / Wang, X. / Wu, F. / Tao, W.A. / He, X.J. / Zhang, H. / Bressan, R.A. / Du, J. / Zhu, J.K.
履歴
登録2018年5月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Agenet domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3011
ポリマ－19,3011
非ポリマー00
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.177, 57.177, 206.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-457-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Agenet domain-containing protein / At1g09320


分子量: 19301.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At1g09320, T31J12.4, T31J12_4 / プラスミド: pMBP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q500V5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.61 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 3.5M sodium formate, 0.1M HEPES, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 14321 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 15.6 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 56
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 17.8 % / Rmerge(I) obs: 0.241 / Mean I/σ(I) obs: 17.8 / Num. unique obs: 1369 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→40.192 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.77 / 位相誤差: 21.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2185 722 5.07 %
Rwork0.1998 --
obs0.2007 14321 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40.192 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1185 0 0 87 1272
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041216
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8451644
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.906449
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033167
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003217
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0001-2.08010.25391440.22912645X-RAY DIFFRACTION98
2.0801-2.17480.21091420.2112673X-RAY DIFFRACTION100
2.1748-2.28950.24541590.22052709X-RAY DIFFRACTION100
2.2895-2.43290.2311850.22322613X-RAY DIFFRACTION100
2.4329-2.62070.25861350.22672708X-RAY DIFFRACTION100
2.6207-2.88440.20721150.25062711X-RAY DIFFRACTION100
2.8844-3.30160.2391580.21752674X-RAY DIFFRACTION100
3.3016-4.15890.22611260.18172698X-RAY DIFFRACTION100
4.1589-40.20.18211240.17362709X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6866-0.2434-0.27252.04190.8142.734-0.2841-0.14810.70090.03750.2739-0.2789-0.25020.118-0.45980.4102-0.0152-0.04350.2919-0.10930.497416.872428.751895.2933
26.6119-1.07922.12723.8251-2.62893.4699-0.09190.55291.4867-0.2720.31061.886-0.4106-1.2277-0.02860.7832-0.0173-0.09540.7590.06211.1176-0.055722.176389.7571
35.28070.2381-1.31383.77440.59884.58190.16850.22470.6067-0.60970.1318-0.5128-0.56890.0946-0.14670.5455-0.03530.10680.3551-0.03240.477615.79623.209486.4066
42.46430.2936-0.60532.58322.24972.417-0.14020.47730.175-0.6296-0.15020.1893-0.4255-0.0982-0.00550.43690.0074-0.02110.3615-0.0470.319511.121818.131684.6617
52.90532.1915-2.42822.013-1.22872.6687-0.4501-1.515-0.96220.46490.0055-0.54540.77210.91990.29750.6590.1740.08910.59080.05260.50948.334511.9292108.8124
63.71210.5255-1.52562.75890.85752.7783-0.19560.097-0.14720.14390.24490.20690.1468-0.04750.23330.34660.01110.01450.2538-0.07330.39010.93469.8676101.8812
74.83620.5241-1.84293.4021-1.06651.92920.0408-0.12350.16320.109-0.09810.4386-0.026-0.04690.14940.43080.0064-0.00230.2794-0.08910.31572.531515.0257102.755
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 206 through 230 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 231 through 239 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 240 through 258 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 259 through 281 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 282 through 295 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 296 through 317 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 318 through 351 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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