DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*GP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*T)-3')
分子量: 7143.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖
DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*C)-3')
分子量: 6974.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
-
実験情報
-
実験
実験
手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-ID
Experiment-ID
Solution-ID
タイプ
1
1
1
3D 1H-13C NOESY
1
2
1
3D 1H-15N NOESY
1
3
1
2D 1H-1H NOESY
-
試料調製
詳細
内容: 2 mM DNA (5'-D(*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DGP*DTP*DGP*DAP*DGP*DCP*DGP*DGP*DAP*DTP*DAP*DAP*DCP*DAP*DAP*DTP*DTP*DT)-3'), 2 mM DNA (5'- ...内容: 2 mM DNA (5'-D(*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DGP*DTP*DGP*DAP*DGP*DCP*DGP*DGP*DAP*DTP*DAP*DAP*DCP*DAP*DAP*DTP*DTP*DT)-3'), 2 mM DNA (5'-D(P*DAP*DAP*DAP*DTP*DTP*DGP*DTP*DTP*DAP*DTP*DCP*DCP*DGP*DCP*DTP*DCP*DAP*DCP*DAP*DAP*DTP*DTP*DC)-3'), 2 mM Lac headpiece dimer, 10% D2O, 10 mM potassium phosphate, 20 mM potassium chloride, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)
構成要素
Solution-ID
2mM
DNA (5'-D(*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DGP*DTP*DGP*DAP*DGP*DCP*DGP*DGP*DAP*DTP*DAP*DAP*DCP*DAP*DAP*DTP*DTP*DT)-3')
1
2mM
DNA (5'-D(P*DAP*DAP*DAP*DTP*DTP*DGP*DTP*DTP*DAP*DTP*DCP*DCP*DGP*DCP*DTP*DCP*DAP*DCP*DAP*DAP*DTP*DTP*DC)-3')
1
2mM
Lacheadpiecedimer
1
10 %
D2O-
1
10mM
potassiumphosphate
1
20mM
potassiumchloride
1
試料状態
イオン強度: 0.03 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 315 K
-
NMR測定
NMRスペクトロメーター
タイプ
製造業者
モデル
磁場強度 (MHz)
Spectrometer-ID
Bruker DRX
Bruker
DRX
750
1
Bruker DRX
Bruker
DRX
600
2
-
解析
NMR software
名称
バージョン
開発者
分類
CNS
1.2
Brunger, Adams, Clore, Gros, NilgesandRead
精密化
XwinNMR
BrukerBiospin
chemicalshiftassignment
NMRPipe
Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, PfeiferandBax
解析
HADDOCK
2.1
Dominguez, Boelens, Bonvin
精密化
精密化
手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造
選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20