[日本語] English
万見
- PDB-2ke4: The NMR structure of the TC10 and Cdc42 interacting domain of CIP4 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ke4
タイトルThe NMR structure of the TC10 and Cdc42 interacting domain of CIP4
要素Cdc42-interacting protein 4
キーワードMEMBRANE PROTEIN / CIP4 / Cdc42 / TC10 / coiled-coil / Alternative splicing / Cell membrane / Coiled coil / Cytoplasm / Cytoskeleton / Endocytosis / Golgi apparatus / Lipid-binding / Lysosome / Membrane / Phosphoprotein / SH3 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


cell communication / RHOQ GTPase cycle / phagocytic cup / cell projection / endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / actin cytoskeleton organization / cell cortex / cytoskeleton / lysosome ...cell communication / RHOQ GTPase cycle / phagocytic cup / cell projection / endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / actin cytoskeleton organization / cell cortex / cytoskeleton / lysosome / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #470 / Fes/CIP4, and EFC/F-BAR homology domain / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. / Fes/CIP4 homology domain / FCH domain / F-BAR domain / F-BAR domain profile. / AH/BAR domain superfamily / Helix Hairpins ...Helix Hairpins - #470 / Fes/CIP4, and EFC/F-BAR homology domain / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. / Fes/CIP4 homology domain / FCH domain / F-BAR domain / F-BAR domain profile. / AH/BAR domain superfamily / Helix Hairpins / SH3 domain / Helix non-globular / Special / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Cdc42-interacting protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Kumeta, H. / Kanoh, D. / Kobashigawa, Y. / Inagaki, F.
引用ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2009
タイトル: The NMR structure of the TC10- and Cdc42-interacting domain of CIP4.
著者: Kobashigawa, Y. / Kumeta, H. / Kanoh, D. / Inagaki, F.
履歴
登録2009年1月22日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cdc42-interacting protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5341
ポリマ－11,5341
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Cdc42-interacting protein 4 / Thyroid receptor-interacting protein 10 / TRIP-10 / Protein Felic / Salt tolerant protein / hSTP


分子量: 11533.915 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 328-425 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIP10, CIP4, STOT, STP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15642

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1413D HN(CO)CA
1513D HNCA
1613D CBCA(CO)NH
1713D HN(CA)CB
1813D HN(CA)HA
1913D HBHA(CO)NH
11013D C(CO)NH
11113D H(CCO)NH
11213D (H)CCH-TOCSY
11313D 1H-15N NOESY
11413D 1H-13C NOESY
11512D (HB)CB(CGCD)HD
11612D (HB)CB(CGCDCE)HE
11713D 1H-13C NOESY aromatic
11813D (H)CCH-TOCSY (Aromatic)
11912D 1H-13C HSQC aromatic

-
試料調製

詳細内容: 20 mM MES-1, 150 mM sodium chloride-2, 1 mM DTT-3, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
20 mMMES-11
150 mMsodium chloride-21
1 mMDTT-31
試料状態イオン強度: 0.15 / pH: 6.3 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002
Varian INOVAVarianINOVA8003
Varian INOVAVarianINOVA6004

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1CVariancollection
NMRPipe2.4Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Sparky3.11Goddardchemical shift assignment
Sparky3.11Goddardデータ解析
Sparky3.11Goddardpeak picking
Sparky3.11Goddard精密化
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る