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- PDB-2kdo: Structure of the human Shwachman-Bodian-Diamond syndrome protein, SBDS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kdo
タイトルStructure of the human Shwachman-Bodian-Diamond syndrome protein, SBDS
要素Ribosome maturation protein SBDS
キーワードRNA BINDING PROTEIN / SBDS protein / NMR protein structure / RNA-interacting protein / Disease mutation / Phosphoprotein / Ribosome biogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


leukocyte chemotaxis / bone marrow development / inner cell mass cell proliferation / bone mineralization / hematopoietic progenitor cell differentiation / cytosolic ribosome assembly / mitotic spindle organization / spindle pole / rRNA processing / ribosome binding ...leukocyte chemotaxis / bone marrow development / inner cell mass cell proliferation / bone mineralization / hematopoietic progenitor cell differentiation / cytosolic ribosome assembly / mitotic spindle organization / spindle pole / rRNA processing / ribosome binding / microtubule binding / rRNA binding / nucleolus / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SBDS protein C-terminal domain, subdomain 1 / Hypothetical 12.0 Kda Protein In Nam8-gar1 Intergenic Region; Chain: A; / Ribosome maturation protein SBDS, N-terminal domain / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS / Ribosome maturation protein SBDS, conserved site / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, central domain / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS, central domain superfamily / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS-like / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, C-terminal domain / SBDS protein, domain II ...SBDS protein C-terminal domain, subdomain 1 / Hypothetical 12.0 Kda Protein In Nam8-gar1 Intergenic Region; Chain: A; / Ribosome maturation protein SBDS, N-terminal domain / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS / Ribosome maturation protein SBDS, conserved site / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, central domain / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS, central domain superfamily / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS-like / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, C-terminal domain / SBDS protein, domain II / SBDS protein, C-terminal domain / Uncharacterized protein family UPF0023 signature. / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, N-terminal / Ribosome maturation protein SBDS, N-terminal domain superfamily / Shwachman-Bodian-Diamond syndrome (SBDS) N-terminal domain / Alpha-Beta Plaits - #240 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosome maturation protein SBDS
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing, torsion angle dynamics
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者de Oliveira, J.F. / Sforca, M.L. / Blumenschein, T. / Guimaraes, B.G. / Zanchin, N.I.T. / Zeri, A.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure, dynamics, and RNA interaction analysis of the human SBDS protein.
著者: de Oliveira, J.F. / Sforca, M.L. / Blumenschein, T.M. / Goldfeder, M.B. / Guimaraes, B.G. / Oliveira, C.C. / Zanchin, N.I. / Zeri, A.C.
履歴
登録2009年1月14日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosome maturation protein SBDS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0091
ポリマ－29,0091
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Ribosome maturation protein SBDS / Shwachman-Bodian-Diamond syndrome protein


分子量: 29008.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SBDS, CGI-97 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y3A5

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HN(CA)CB
1213D CBCA(CO)NH
1313D HNCA
1413D HN(CO)CA
1513D HNCO
1623D 1H-15N NOESY
1733D (H)CCH-TOCSY
1833D 1H-13C NOESY
1923D 1H-15N TOCSY
11022D 1H-15N HSQC T1
11122D 1H-15N HSQC T1
11222D 1H-15N HSQC T2
11322D 1H-15N HSQC T2
11422D 1H-15N HSQC NOE
11522D 1H-15N HSQC NOE

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] SBDS-1, 1.0 mM no DTT-2, 50 mM no sodium phosphate-3, 20 mM no sodium chloride-4, 0.05 % no sodium azide-5, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] SBDS-6, 1.0 mM no DTT-7, 50 mM no sodium phosphate-8, 20 mM no sodium chloride-9, 0.05 % no sodium azide-10, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] SBDS-11, 1.0 mM no DTT-12, 50 mM no sodium phosphate-13, 20 mM no sodium chloride-14, 0.05 % no sodium azide-15, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMSBDS-1[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]1
1.0 mMDTT-2no1
50 mMsodium phosphate-3no1
20 mMsodium chloride-4no1
0.05 %sodium azide-5no1
0.5 mMSBDS-6[U-99% 13C; U-99% 15N]2
1.0 mMDTT-7no2
50 mMsodium phosphate-8no2
20 mMsodium chloride-9no2
0.05 %sodium azide-10no2
0.5 mMSBDS-11[U-99% 13C; U-99% 15N]3
1.0 mMDTT-12no3
50 mMsodium phosphate-13no3
20 mMsodium chloride-14no3
0.05 %sodium azide-15no3
試料状態イオン強度: 0.071 / pH: 7.2 / 圧: ambient atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRView5Johnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRView5Johnson, One Moon Scientificpeak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
DYANAGuntert, Braun and Wuthrich構造決定
DYANAGuntert, Braun and Wuthrichgeometry optimization
Insight IIAccelrys Software Inc.データ解析
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
CYANA2.1GUNTERT, P., ET AL精密化
CNS1.1BRUNGER, A.T. ET AL精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1 / 詳細: B-FACTOR COLUMN STORES ADDITIONAL COORDINATE DIGITS
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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