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- PDB-2kdb: Solution Structure of human ubiquitin-like domain of Herpud2_9_85... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kdb
タイトルSolution Structure of human ubiquitin-like domain of Herpud2_9_85, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) target HT53A
要素Homocysteine-responsive endoplasmic reticulum-resident ubiquitin-like domain member 2 protein
キーワードPROTEIN BINDING / ubl domain / Membrane / Transmembrane / Unfolded protein response / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Ontario Centre for Structural Proteomics / OCSP / unknown function / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


endoplasmic reticulum unfolded protein response / spermatogenesis / membrane
類似検索 - 分子機能
Homocysteine-responsive endoplasmic reticulum-resident ubiquitin-like domain member 1 /2 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Homocysteine-responsive endoplasmic reticulum-resident ubiquitin-like domain member 2 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Wu, B. / Yee, A. / Fares, C. / Lemak, A. / Gutmanas, A. / Doherty, R. / Semesi, A. / Dhe-Paganon, S. / Arrowsmith, C. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of human homocysteine-inducible, endoplasmic reticulum stress-inducible, ubiquitin-like domain member 2 (Herpud2 or Herp)
著者: Doherty, R. / Wu, B. / Fares, C. / Lemak, A. / Gutmanas, A. / Semesi, A. / Yee, A. / Arrowsmith, C.H. / Dhe-Paganon, S.
#1: ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2011
タイトル: A novel strategy for NMR resonance assignment and protein structure determination.
著者: Lemak, A. / Gutmanas, A. / Chitayat, S. / Karra, M. / Fares, C. / Sunnerhagen, M. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2009年1月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年5月23日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homocysteine-responsive endoplasmic reticulum-resident ubiquitin-like domain member 2 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5701
ポリマ－11,5701
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Homocysteine-responsive endoplasmic reticulum-resident ubiquitin-like domain member 2 protein


分子量: 11570.251 Da / 分子数: 1 / 断片: Ubiquitin-like domain, residues 9-85 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HERPUD2 / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BSE4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HNCO
1213D CBCA(CO)NH
1313D HBHA(CO)NH
1413D HNCA
1513D (H)CCH-TOCSY
1613D CCH-TOCSY
1713D 1H-15N NOESY
1813D 1H-13C NOESY
2923D 1H-13C NOESY
11013D 1H-13C NOESY aromatic
31132D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] humna ubiquitin-like domain of Herp-1, 10 mM [U-100% 2H] TRIS-2, 300 mM sodium chloride-3, 0.01 % sodium azide-4, 10 mM benzamidine-5, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] humna ubiquitin-like domain of Herp-6, 10 mM [U-100% 2H] TRIS-7, 300 mM sodium chloride-8, 0.01 % sodium azide-9, 10 mM benzamidine-10, 100% D2O100% D2O
30.5 mM [U-7% 13C; U-100% 15N] humna ubiquitin-like domain of Herp-11, 10 mM [U-100% 2H] TRIS-12, 300 mM sodium chloride-13, 0.01 % sodium azide-14, 10 mM benzamidine-15, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMhumna ubiquitin-like domain of Herp-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
10 mMTRIS-2[U-100% 2H]1
300 mMsodium chloride-31
0.01 %sodium azide-41
10 mMbenzamidine-51
0.5 mMhumna ubiquitin-like domain of Herp-6[U-100% 13C; U-100% 15N]2
10 mMTRIS-7[U-100% 2H]2
300 mMsodium chloride-82
0.01 %sodium azide-92
10 mMbenzamidine-102
0.5 mMhumna ubiquitin-like domain of Herp-11[U-7% 13C; U-100% 15N]3
10 mMTRIS-12[U-100% 2H]3
300 mMsodium chloride-133
0.01 %sodium azide-143
10 mMbenzamidine-153
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
13007ambient 298 K
23007ambient 298 K
33007ambient 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002
Varian INOVAVarianINOVA5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
MNRPipe2.3Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Sparky3.95Goddardデータ解析
Sparky3.95Goddardpeak picking
FAWN1Lemak and Arrowsmithbackbone assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
AutoStructureHuang, Tejero, Powers and Montelionenmr structure quality assessment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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