[日本語] English
万見
- PDB-2kd7: Solution NMR structure of F5/8 type C-terminal domain of a putati... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kd7
タイトルSolution NMR structure of F5/8 type C-terminal domain of a putative chitobiase from Bacteroides thetaiotaomicron. Northeast Structural Genomics Consortium target BtR324B
要素Putative chitobiase
キーワードCELL ADHESION / F5/8 type C-domain / beta-sandwich / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


Domain of unknown function DUF1735 / BT_3987-like, N-terminal domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Eletsky, A. / Mills, J.L. / Lee, H. / Lee, D. / Jiang, M. / Ciccosanti, C. / Xiao, R. / Nair, R. / Everett, J.K. / Swapna, G.V.T. ...Eletsky, A. / Mills, J.L. / Lee, H. / Lee, D. / Jiang, M. / Ciccosanti, C. / Xiao, R. / Nair, R. / Everett, J.K. / Swapna, G.V.T. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Prestegard, J.H. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR structure of F5/8 type C-terminal domain of a putative chitobiase from Bacteroides thetaiotaomicron.
著者: Eletsky, A. / Mills, J.L. / Lee, H. / Lee, D. / Jiang, M. / Ciccosanti, C. / Xiao, R. / Nair, R. / Everett, J.K. / Swapna, G.V.T. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Prestegard, J.H. / Szyperski, T.
履歴
登録2009年1月4日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative chitobiase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5511
ポリマ－17,5511
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Putative chitobiase


分子量: 17550.561 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 291-440 / 変異: K4T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
株: DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_0865 / プラスミド: pET21-23C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q8A9F0

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC ali
1312D 1H-13C CT-HSQC ali
1412D 1H-13C CT-HSQC aro
1511D 1H-15N HSQC T1
1611D 1H-15N HSQC T2
1713D HNCO
1813D CBCA(CO)NH
1913D HN(CA)CB
11013D HBHA(CO)NH
11113D HN(CA)CO
11213D (H)CCH-COSY ali
11313D (H)CCH-TOCSY ali
11413D (H)CCH-COSY aro
11513D (H)CCH-TOCSY aro
11612D 1H-15N LR-HSQC
11712D 1H-15N MEXICO
11813D 1H-15N/13Cali/13Caro NOESY
11913D 1H-13Cali NOESY
12022D 1H-13C CT-HSQC methyl LV
12122D 1H-15N HSQC
12222D 1H-13C TROSY
12332D 1H-15N HSQC
12432D 1H-15N TROSY
12542D 1H-15N HSQC
12642D 1H-15N TROSY

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] BtR324B-1, 20 mM ammonium acetate-2, 200 mM sodium chloride-3, 5 mM calcium chloride-4, 10 mM DTT-5, 0.02 mM sodium azide-6, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21.1 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] BtR324B-7, 20 mM ammonium acetate-8, 200 mM sodium chloride-9, 5 mM calcium chloride-10, 10 mM DTT-11, 0.02 mM sodium azide-12, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
31.1 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] BtR324B-13, 20 mM ammonium acetate-14, 200 mM sodium chloride-15, 5 mM calcium chloride-16, 10 mM DTT-17, 0.02 mM sodium azide-18, 7% polyacrylamide gel-19, 88% H2O/12% D2O88% H2O/12% D2O
40.76 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] BtR324B-20, 20 mM ammonium acetate-21, 200 mM sodium chloride-22, 5 mM calcium chloride-23, 10 mM DTT-24, 0.02 mM sodium azide-25, 4.2% polyethylene glycol-26, 1.5% hexanol-27, 88% H2O/12% D2O88% H2O/12% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.1 mMBtR324B-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMammonium acetate-21
200 mMsodium chloride-31
5 mMcalcium chloride-41
10 mMDTT-51
0.02 mMsodium azide-61
1.1 mMBtR324B-7[U-5% 13C; U-100% 15N]2
20 mMammonium acetate-82
200 mMsodium chloride-92
5 mMcalcium chloride-102
10 mMDTT-112
0.02 mMsodium azide-122
1.1 mMBtR324B-13[U-5% 13C; U-100% 15N]3
20 mMammonium acetate-143
200 mMsodium chloride-153
5 mMcalcium chloride-163
10 mMDTT-173
0.02 mMsodium azide-183
7 %polyacrylamide gel-193
0.76 mMBtR324B-20[U-5% 13C; U-100% 15N]4
20 mMammonium acetate-214
200 mMsodium chloride-224
5 mMcalcium chloride-234
10 mMDTT-244
0.02 mMsodium azide-254
4.2 %polyethylene glycol-264
1.5 %hexanol-274
試料状態イオン強度: 215 / pH: 4.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9001
Varian INOVAVarianINOVA7502
Varian INOVAVarianINOVA6003

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VnmrJ2.1BVariancollection
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
PROSA6.0.2Guntert解析
CARA1.8.4.2Keller and Wuthrichデータ解析
CARA1.8.4.2Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CARA1.8.4.2Keller and Wuthrichpeak picking
AutoAssign2.3.0Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
TALOS2007.068.09.07Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CNS1.2.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
PSVS1.3Bhattacharya and Montelionestructure validation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Structure determination was performed iteratively with CYANA v2.1 and CYANA v3.0 using NOE-based constraints, PHI and PSI dihedral angle constraints from TALOS, hydrogen bond constraints ...詳細: Structure determination was performed iteratively with CYANA v2.1 and CYANA v3.0 using NOE-based constraints, PHI and PSI dihedral angle constraints from TALOS, hydrogen bond constraints based on preliminary structures and MEXICO data, and RDCs from two alignment media. The 20 conformers out of 100 with the lowest target function were further refined by simulated annealing in explicit water bath using the program CNS with PARAM19 force field.
NMR constraintsNOE constraints total: 4123 / NOE intraresidue total count: 745 / NOE long range total count: 1951 / NOE medium range total count: 524 / NOE sequential total count: 903 / Hydrogen bond constraints total count: 212 / Protein phi angle constraints total count: 64 / Protein psi angle constraints total count: 64
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum upper distance constraint violation: 0.328 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.01 Å

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る