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万見
- PDB-2kca: GP16 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kca
タイトルGP16
要素Bacteriophage SPP1 complete nucleotide sequence
キーワードVIRAL PROTEIN / beta-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont genome ejection through host cell envelope, long flexible tail mechanism / virion component
類似検索 - 分子機能
Bacteriophage SPP1 head-tail adaptor protein / Bacteriophage SPP1, head-tail adaptor superfamily / Bacteriophage SPP1, head-tail adaptor / Phage head-tail joining protein / Thrombin, subunit H / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Head completion protein gp16
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus phage SPP1 (ファージ)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Gallopin, M. / Gilquin, B. / Zinn-Justin, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structure of bacteriophage SPP1 head-to-tail connection reveals mechanism for viral DNA gating.
著者: Lhuillier, S. / Gallopin, M. / Gilquin, B. / Brasiles, S. / Lancelot, N. / Letellier, G. / Gilles, M. / Dethan, G. / Orlova, E.V. / Couprie, J. / Tavares, P. / Zinn-Justin, S.
履歴
登録2008年12月18日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22016年8月17日Group: Structure summary
改定 1.32021年10月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriophage SPP1 complete nucleotide sequence


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6151
ポリマ－12,6151
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 6000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Bacteriophage SPP1 complete nucleotide sequence


分子量: 12615.069 Da / 分子数: 1 / 変異: P40R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage SPP1 (ファージ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: O48446

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1121H-2H exchange experiments
1223D HNHA
1322D 1H-15N HSQC
1423D 1H-15N NOESY
1521H-15N nOe transfer
1633D HNCO
1733D HNCA
1833D HN(CA)CO
1933D HN(CA)CB
11033D CBCA(CO)NH
11133D HBHA(CO)NH
11233D (H)CCH-COSY
11333D (H)CCH-TOCSY
11433D 1H-13C NOESY
1154HN(CA)CB
1164HN(CA)CO
1174HN(CO)CACB

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.35 mM gp16-1, 5 mM HEPES-2, 300 mM sodium chloride-3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.35 mM [U-100% 15N] gp16-4, 5 mM HEPES-5, 300 mM sodium chloride-6, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.35 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] gp16-7, 5 mM HEPES-8, 300 mM sodium chloride-9, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
40.35 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] gp16-10, 5 mM HEPES-11, 300 mM sodium chloride-12, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.35 mMgp16-11
5 mMHEPES-21
300 mMsodium chloride-31
0.35 mMgp16-4[U-100% 15N]2
5 mMHEPES-52
300 mMsodium chloride-62
0.35 mMgp16-7[U-100% 13C; U-100% 15N]3
5 mMHEPES-83
300 mMsodium chloride-93
0.35 mMgp16-10[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]4
5 mMHEPES-114
300 mMsodium chloride-124
試料状態イオン強度: 0.3 / pH: 7.5 / 圧: ambient atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker Avance 2BrukerAvance 26001
Bruker Avance 2BrukerAvance 27002

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解析

NMR software
名称開発者分類
SparkyGoddardpeak picking
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
INCABernard Gilquinchemical shift assignment
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 6000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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