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- PDB-2kbq: Solution structure of harmonin N terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kbq
タイトルSolution structure of harmonin N terminal domain
要素Harmonin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / PROTEIN / Alternative splicing / Coiled coil / Deafness / Hearing / Non-syndromic deafness / Polymorphism / Retinitis pigmentosa / Sensory transduction / Usher syndrome / Vision
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to microvillus / auditory receptor cell morphogenesis / stereocilia ankle link complex / regulation of microvillus length / brush border assembly / parallel actin filament bundle assembly / equilibrioception / sensory perception of light stimulus / retinal cone cell development / inner ear receptor cell stereocilium organization ...protein localization to microvillus / auditory receptor cell morphogenesis / stereocilia ankle link complex / regulation of microvillus length / brush border assembly / parallel actin filament bundle assembly / equilibrioception / sensory perception of light stimulus / retinal cone cell development / inner ear receptor cell stereocilium organization / stereocilium tip / inner ear auditory receptor cell differentiation / stereocilium / photoreceptor cell maintenance / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / inner ear morphogenesis / spectrin binding / brush border / microvillus / actin filament bundle assembly / photoreceptor outer segment / photoreceptor inner segment / sensory perception of sound / cilium / G2/M transition of mitotic cell cycle / apical part of cell / protein-containing complex assembly / cytoskeleton / synapse / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Paired amphipathic helix 2 (pah2 repeat) - #20 / Harmonin / Harmonin, N-terminal domain / Paired amphipathic helix 2 (pah2 repeat) / : / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily ...Paired amphipathic helix 2 (pah2 repeat) - #20 / Harmonin / Harmonin, N-terminal domain / Paired amphipathic helix 2 (pah2 repeat) / : / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 20
データ登録者Zhang, M. / Pan, L. / Yan, J. / Wu, L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Assembling stable hair cell tip link complex via multidentate interactions between harmonin and cadherin 23
著者: Pan, L. / Yan, J. / Wu, L. / Zhang, M.
履歴
登録2008年12月5日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Harmonin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5671
ポリマ－9,5671
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Harmonin / Usher syndrome type-1C protein / Autoimmune enteropathy-related antigen AIE-75 / Antigen NY-CO- ...Usher syndrome type-1C protein / Autoimmune enteropathy-related antigen AIE-75 / Antigen NY-CO-38/NY-CO-37 / PDZ-73 protein / Renal carcinoma antigen NY-REN-3


分子量: 9567.099 Da / 分子数: 1 / 断片: N terminal domain, residues 1-80 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HARMONIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y6N9

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D HN(CA)CB
1413D 1H-13C NOESY
1513D 1H-15N NOESY
1612D 1H-1H COSY

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試料調製

詳細内容: 100mM potassium phosphate-1, 1mM DTT-2, 1mM EDTA-3, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
100 mMpotassium phosphate-11
1 mMDTT-21
1 mMEDTA-31
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readデータ解析
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readchemical shift calculation
CNS精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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