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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 2kbn
タイトル
Solution NMR structure of the OB domain (residues 67-166) of MM0293 from Methanosarcina mazei. Northeast Structural Genomics Consortium target MaR214a.
要素
Conserved protein
キーワード
structural genomics / unknown function / nucleic acid binding protein / beta barrel / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
response to ionizing radiation / Nucleic acid-binding proteins / double-strand break repair via homologous recombination / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / DNA binding / Mainly Beta / Conserved protein
1.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] OB domain-1, 20 mM MES-2, 100 mM sodium chloride-3, 10 mM DTT-4, 5 mM calcium chloride-5, .02 % sodium azide-6, 95% H2O/5% D2O
95% H2O/5% D2O
2
1.2 mM [U-5% 13C; U-99% 15N] OB domain-7, 20 mM MES-8, 100 mM sodium chloride-9, 10 mM DTT-10, 5 mM calcium chloride-11, .02 % sodium azide-12, 95% H2O/5% D2O
95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)
構成要素
Isotopic labeling
Solution-ID
1.2mM
OB domain-1
[U-100% 13C; U-100% 15N]
1
20mM
MES-2
1
100mM
sodium chloride-3
1
10mM
DTT-4
1
5mM
calcium chloride-5
1
.02 %
sodium azide-6
1
1.2mM
OB domain-7
[U-5% 13C; U-99% 15N]
2
20mM
MES-8
2
100mM
sodium chloride-9
2
10mM
DTT-10
2
5mM
calcium chloride-11
2
.02 %
sodium azide-12
2
試料状態
イオン強度: .1 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K
-
NMR測定
NMRスペクトロメーター
タイプ
製造業者
モデル
磁場強度 (MHz)
Spectrometer-ID
Bruker Avance
Bruker
AVANCE
850
1
Varian INOVA
Varian
INOVA
600
2
-
解析
NMR software
名称
バージョン
開発者
分類
TopSpin
2.1
BrukerBiospin
collection
Sparky
3.113
Goddard
データ解析
AutoAssign
2.3.0
Zimmerman, Moseley, KulikowskiandMontelione
chemicalshiftassignment
AutoStructure
2.2.1
Huang, Tejero, PowersandMontelione
構造決定
CYANA
2.1
Guntert, MumenthalerandWuthrich
データ解析
PSVS
1.3
BhattacharyaandMontelione
データ解析
CNS
1.2
Brunger, Adams, Clore, Gros, NilgesandRead
精密化
X-PLOR NIH
2.2.1
Schwieters, Kuszewski, TjandraandClore
精密化
精密化
手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: autostructure and cyana were used to automatically assign NOE crosspeaks. xplor-NIH and CNS were used to do hydrogen bond refinement and refinement in the presence of water.
代表構造
選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 20