PDB-2kb3: NMR Structure of the phosphorylated form of OdhI, pOdhI.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2kb3

タイトル

NMR Structure of the phosphorylated form of OdhI, pOdhI.

要素

Oxoglutarate dehydrogenase inhibitor

キーワード

DEHYDROGENASE INHIBITOR / Forkhead-associated domain / Kinase substrate / GarA / FHA / Cytoplasm / Phosphoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

mRNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Corynebacterium glutamicum (バクテリア)

手法

溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing

データ登録者

Barthe, P. / Roumestand, C. / Canova, M. / Hurard, C. / Molle, V. / Cohen-Gonsaud, M.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Dynamic and Structural Characterization of a Bacterial FHA Protein Reveals a New Autoinhibition Mechanism.
著者: Barthe, P. / Roumestand, C. / Canova, M.J. / Kremer, L. / Hurard, C. / Molle, V. / Cohen-Gonsaud, M.

履歴

登録	2008年11月20日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2020年2月19日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2kb3.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2kb3.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2kb3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2kb3_validation.pdf.gz	556.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2kb3_full_validation.pdf.gz	853.2 KB	表示
XML形式データ	2kb3_validation.xml.gz	125.6 KB	表示
CIF形式データ	2kb3_validation.cif.gz	126.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/2kb3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/2kb3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2kb4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5yao-1 6jcf-d 2kml-d 1hyz-d 1mbs-d 1cfz-3 4bsx-1 3k9z-d 6bmg-1 6wc8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 16038

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Oxoglutarate dehydrogenase inhibitor

15.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	30 / 30	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	Oxoglutarate dehydrogenase inhibitor 分子量: 15496.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア) 遺伝子: cg1630, Cgl1441, odhI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NQJ3

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	2	3D 1H-15N NOESY
1	2	2	3D 1H-15N TOCSY
1	3	1	3D HNCA
1	4	1	3D CBCA(CO)NH
1	5	1	3D HNCO
1	6	1	3D HN(CA)CO

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	0.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] pOdhI, 95% H2O/5% D2O	95% H2O/5% D2O
2	0.3 mM [U-100% 15N] pOdhI, 95% H2O/5% D2O	95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
0.3 mM	pOdhI	[U-100% 13C; U-100% 15N]	1
0.3 mM	pOdhI	[U-100% 15N]	2

試料状態

イオン強度: 0.15 / pH: 6.2 / 圧: ambient / 温度: 293 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	500	2

-
解析

NMR software	名称: CNS / バージョン: 1.2 / 開発者: Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read / 分類: 精密化
精密化	手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: RECOORD Procedure
代表構造	選択基準: closest to the average
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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関連情報:EMDBヘッダ

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