PDB-2k9o: Solution structure of Vm24 synthetic scorpion toxin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2k9o

タイトル

Solution structure of Vm24 synthetic scorpion toxin

要素

Vm24 SCORPION toxin

キーワード

TOXIN / ALFA/BETA SCAFFOLD / BETA SHEET / ALFA HELIX / SCORPION K+ TOXIN / VM24

機能・相同性

Scorpion short toxins signature. / Scorpion short chain toxin, potassium channel inhibitor / Scorpion short toxin, BmKK2 / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / ion channel inhibitor activity / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Potassium channel toxin alpha-KTx 23.1

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS, molecular dynamics

データ登録者

del Rio-Portilla, F. / Hernandez-Lopez, R. / Possani-Postay, L. / Gurrola, G.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Structure, function, and chemical synthesis of Vaejovis mexicanus peptide 24: a novel potent blocker of Kv1.3 potassium channels of human T lymphocytes.
著者: Gurrola, G.B. / Hernandez-Lopez, R.A. / Rodriguez de la Vega, R.C. / Varga, Z. / Batista, C.V. / Salas-Castillo, S.P. / Panyi, G. / del Rio-Portilla, F. / Possani, L.D.

履歴

登録	2008年10月20日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年5月28日	Group: Database references
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2k9o.cif.gz	204.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2k9o.ent.gz	169.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2k9o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/2k9o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/2k9o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1q3j-d 6qes-d 2bbg-d 1ajj-d 2lqa-d 2k4u-d 3q8j-d 3tjw-1 1kj5-d 1wy4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (4) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Vm24 SCORPION toxin

3.88 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Vm24 SCORPION toxin 分子量: 3879.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 参照: UniProt: P0DJ31*PLUS
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	2D DQF-COSY

-
試料調製

詳細

内容: 1.2 mM Vm24, 95% H2O/5% D2O / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Solution-ID
1.2 mM	Vm24	1
1.2 mM	Vm24	2

試料状態

pH: 6.5 / 圧: AMBIENT / 温度: 297 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	1
Varian Unity	Varian	UNITY	500	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	2.1	GUNTERT, P. ET AL.	精密化
CYANA	2.1	GUNTERT, P. ET AL.	chemical shift assignment
Amber	9	Case, D. et al.	geometry optimization
XEASY		Bartels, C. et al.	chemical shift assignment
XEASY		Bartels, C. et al.	peak picking

精密化

手法: TORSION ANGLE DYNAMICS, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 709 / NOE intraresidue total count: 242 / NOE long range total count: 147 / NOE medium range total count: 45 / NOE sequential total count: 275

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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