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万見
- PDB-2k9e: NMR Solution Structure for ShK-192: A Potent KV1.3-Specific Immun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k9e
タイトルNMR Solution Structure for ShK-192: A Potent KV1.3-Specific Immunosuppressive Polypeptide
要素Kappa-stichotoxin-She3a
キーワードTOXIN / Protein / Ionic channel inhibitor / Nematocyst / Neurotoxin / Potassium channel inhibitor / Secreted
機能・相同性ShKT domain / ShKT domain profile. / nematocyst / potassium channel regulator activity / toxin activity / defense response to bacterium / extracellular region / Kappa-stichotoxin-She3a
機能・相同性情報
生物種Stichodactyla helianthus (イソギンチャク)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
データ登録者Galea, C.A.
引用ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2009
タイトル: Engineering a stable and selective peptide blocker of the Kv1.3 channel in T lymphocytes
著者: Pennington, M.W. / Beeton, C. / Galea, C.A. / Smith, B.J. / Chi, V. / Monaghan, K.P. / Garcia, A. / Rangaraju, S. / Giuffrida, A. / Plank, D. / Crossley, G. / Nugent, D. / Khaytin, I. / ...著者: Pennington, M.W. / Beeton, C. / Galea, C.A. / Smith, B.J. / Chi, V. / Monaghan, K.P. / Garcia, A. / Rangaraju, S. / Giuffrida, A. / Plank, D. / Crossley, G. / Nugent, D. / Khaytin, I. / Lefievre, Y. / Peshenko, I. / Dixon, C. / Chauhan, S. / Orzel, A. / Inoue, T. / Hu, X. / Moore, R.V. / Norton, R.S. / Chandy, K.G.
履歴
登録2008年10月9日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02023年4月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_validate_close_contact / struct_conf / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_struct_mod_residue.label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 3.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kappa-stichotoxin-She3a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,4221
ポリマ－4,4221
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area110 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area3320 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Kappa-stichotoxin-She3a / Kappa-SHTX-She3a / Potassium channel toxin ShK


分子量: 4422.172 Da / 分子数: 1 / 変異: M21(NLE) / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. This sequence occurs naturally in Stichodactyla helianthus
由来: (合成) Stichodactyla helianthus (イソギンチャク)
参照: UniProt: P29187

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1312D 1H-1H TOCSY
2422D 1H-1H TOCSY
2522D 1H-13C HSQC
1612D 1H-1H COSY
1712D 1H-1H NOESY
2822D 1H-1H NOESY
NMR実験の詳細Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 2D HOMONUCLEAR TECHNIQUES

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
13.0 mM ShK-192, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
23.0 mM ShK-192, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
3.0 mMShK-1921
3.0 mMShK-1922
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1104.79ambient 293 K
2104.1ambient 278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker AMXBrukerAMX5002

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorechemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 639 / NOE intraresidue total count: 187 / NOE long range total count: 112 / NOE medium range total count: 157 / NOE sequential total count: 183
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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