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万見
- PDB-2k8f: Structural Basis for the Regulation of p53 Function by p300 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k8f
タイトルStructural Basis for the Regulation of p53 Function by p300
要素
  • Cellular tumor antigen p53
  • Histone acetyltransferase p300
キーワードTransferase/Transcription / Complex of p53 and p300 / Acetylation / Bromodomain / Cell cycle / Chromosomal rearrangement / Citrullination / Disease mutation / Host-virus interaction / Metal-binding / Methylation / Nucleus / Phosphoprotein / Polymorphism / Transcription / Transcription regulation / Transferase / Zinc / Zinc-finger / Activator / Alternative splicing / Anti-oncogene / Apoptosis / Covalent protein-RNA linkage / Cytoplasm / DNA-binding / Endoplasmic reticulum / Glycoprotein / Li-Fraumeni syndrome / Ubl conjugation / Transferase-Transcription COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


behavioral defense response / negative regulation of protein oligomerization / peptidyl-lysine propionylation / histone lactyltransferase (CoA-dependent) activity / peptidyl-lysine crotonylation / peptidyl-lysine butyrylation / histone butyryltransferase activity / swimming / peptide butyryltransferase activity / regulation of tubulin deacetylation ...behavioral defense response / negative regulation of protein oligomerization / peptidyl-lysine propionylation / histone lactyltransferase (CoA-dependent) activity / peptidyl-lysine crotonylation / peptidyl-lysine butyrylation / histone butyryltransferase activity / swimming / peptide butyryltransferase activity / regulation of tubulin deacetylation / histone H2B acetyltransferase activity / internal protein amino acid acetylation / peptide 2-hydroxyisobutyryltransferase activity / histone crotonyltransferase activity / protein propionyltransferase activity / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / thigmotaxis / L-lysine N-acetyltransferase activity, acting on acetyl phosphate as donor / positive regulation of TORC2 signaling / internal peptidyl-lysine acetylation / histone H4 acetyltransferase activity / cellular response to L-leucine / histone H3 acetyltransferase activity / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / acetylation-dependent protein binding / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / NGF-stimulated transcription / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / Polo-like kinase mediated events / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / host-mediated activation of viral transcription / negative regulation of helicase activity / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / TGFBR3 expression / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / regulation of androgen receptor signaling pathway / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / regulation of mitochondrion organization / regulation of cell cycle G2/M phase transition / regulation of fibroblast apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of miRNA processing / positive regulation of thymocyte apoptotic process / oxidative stress-induced premature senescence / regulation of tissue remodeling / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / mRNA transcription / positive regulation of programmed necrotic cell death / RUNX3 regulates NOTCH signaling / bone marrow development / circadian behavior / T cell proliferation involved in immune response / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / Nuclear events mediated by NFE2L2 / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / germ cell nucleus / Regulation of NFE2L2 gene expression / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / face morphogenesis / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / platelet formation / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / regulation of glycolytic process / TRAF6 mediated IRF7 activation / histone deacetylase regulator activity / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / megakaryocyte development / negative regulation of glial cell proliferation / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / protein-lysine-acetyltransferase activity / negative regulation of neuroblast proliferation / nuclear androgen receptor binding / acyltransferase activity / STAT family protein binding / T cell lineage commitment / mitochondrial DNA repair / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / protein acetylation / ER overload response / thymocyte apoptotic process
類似検索 - 分子機能
CREB-binding Protein; Chain A / TAZ domain / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP ...CREB-binding Protein; Chain A / TAZ domain / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / Zinc finger ZZ-type signature. / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cellular tumor antigen p53 / Histone acetyltransferase p300
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
データ登録者Bai, Y. / Feng, H. / Jenkins, L.M. / Durell, S.R. / Wiodawer, A. / Appella, E.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structural Basis for p300 Taz2-p53 TAD1 Binding and Modulation by Phosphorylation.
著者: Feng, H. / Jenkins, L.M. / Durell, S.R. / Hayashi, R. / Mazur, S.J. / Cherry, S. / Tropea, J.E. / Miller, M. / Wlodawer, A. / Appella, E. / Bai, Y.
履歴
登録2008年9月8日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone acetyltransferase p300
B: Cellular tumor antigen p53


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3162
ポリマ－14,3162
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Histone acetyltransferase p300 / E1A-associated protein p300


分子量: 9963.786 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1723-1812 / 変異: C1738A, C1746A, C1789A, C1790A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EP300, P300 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): CodonPlus (DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q09472, histone acetyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド Cellular tumor antigen p53 / Tumor suppressor p53 / Phosphoprotein p53 / Antigen NY-CO-13


分子量: 4351.771 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-39 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP53, P53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Topp2 / 参照: UniProt: P04637

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: The structure of p53(1-39) and p300 complex was determined by NMR.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1242D 1H-1H NOESY
1333D CBCA(CO)NH
1433D HN(CA)CB
1533D HNCO
1633D HN(CA)CO
1733D HNCA
1833D H(CCO)NH
1933D (H)CCH-TOCSY
11023D HNHA
11123D 1H-15N NOESY
11233D 1H-13C NOESY
11312D 1H-15N HSQC
11413D CBCA(CO)NH
11513D HN(CA)CB
11613D HNCA
11713D HNCO
11813D HN(CA)CO
11913D H(CCO)NH
12013D (H)CCH-TOCSY
12113D 1H-15N NOESY
12213D 1H-13C NOESY
NMR実験の詳細Text: All the data related to chemical shift assignments were collected by 500 MHz, and 3D NOESY data were recorded by 700 MHz.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.1 mM TAZ2, 1.0 mM [U-100% 15N] TAD(1-39), 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] TAD(1-39), 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.0 mM [U-100% 15N] TAZ2, 1.1 mM TAD(1-39), 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] TAZ2, 1.1 mM TAD(1-39), 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
41.0 mM TAZ2, 1.1 mM TAD(1-39), 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMTAD(1-39)[U-100% 15N]1
1.0 mMTAD(1-39)[U-100% 13C; U-100% 15N]4
1.0 mMTAZ2[U-100% 15N]2
1.0 mMTAZ2[U-100% 13C; U-100% 15N]3
試料状態イオン強度: 200 / pH: 6.3 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker DRXBrukerDRX7002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipeupdatedDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRViewupdatedJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
X-PLOR NIH2.19Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.19Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
TALOSupdatedCornilescu, Delaglio and Bax構造決定
ProcheckNMRupdatedLaskowski and MacArthurstructure validation
MolProbity3.15Richardsonstructure validation
Insight IIupdatedAccelrys Software Inc.figure preparation
SYBYL8Tripos構造決定
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1732 / NOE intraresidue total count: 521 / NOE long range total count: 253 / NOE medium range total count: 473 / NOE sequential total count: 499 / Protein phi angle constraints total count: 115 / Protein psi angle constraints total count: 114
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / Maximum torsion angle constraint violation: 3.58 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.33 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.05 Å / Distance rms dev error: 0.003 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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