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- PDB-2k86: Solution Structure of FOXO3a Forkhead domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k86
タイトルSolution Structure of FOXO3a Forkhead domain
要素Forkhead box protein O3
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Forkhead / Winged-helix / DNA binding domain / Activator / Apoptosis / Chromosomal rearrangement / Cytoplasm / DNA-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Proto-oncogene / Transcription / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of muscle atrophy / initiation of primordial ovarian follicle growth / cellular response to corticosterone stimulus / positive regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / mitochondrial transcription factor activity / RNA polymerase II transcription repressor complex / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / AKT phosphorylates targets in the nucleus / response to water-immersion restraint stress ...positive regulation of muscle atrophy / initiation of primordial ovarian follicle growth / cellular response to corticosterone stimulus / positive regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / mitochondrial transcription factor activity / RNA polymerase II transcription repressor complex / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / AKT phosphorylates targets in the nucleus / response to water-immersion restraint stress / ovulation from ovarian follicle / regulation of neural precursor cell proliferation / neuronal stem cell population maintenance / mitochondrial transcription / response to fatty acid / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of regulatory T cell differentiation / Signaling by NODAL / brain morphogenesis / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / oocyte maturation / FOXO-mediated transcription of cell death genes / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / antral ovarian follicle growth / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / response to starvation / response to dexamethasone / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / Regulation of localization of FOXO transcription factors / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of neuron differentiation / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / canonical Wnt signaling pathway / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / positive regulation of autophagy / cellular response to glucose starvation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / FLT3 Signaling / positive regulation of erythrocyte differentiation / cellular response to nerve growth factor stimulus / negative regulation of cell migration / transcription coregulator binding / cellular response to glucose stimulus / MAPK6/MAPK4 signaling / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / chromatin DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / beta-catenin binding / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular response to amyloid-beta / sequence-specific double-stranded DNA binding / regulation of translation / cellular response to oxidative stress / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / mitochondrial outer membrane / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / mitochondrial matrix / positive regulation of apoptotic process / response to xenobiotic stimulus / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
FOXO protein, KIX-binding domain / KIX-binding domain of forkhead box O, CR2 / FOXO protein, transactivation domain / Transactivation domain of FOXO protein family / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. ...FOXO protein, KIX-binding domain / KIX-binding domain of forkhead box O, CR2 / FOXO protein, transactivation domain / Transactivation domain of FOXO protein family / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Forkhead box protein O3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wang, F. / Marshall, C.B. / Li, G. / Plevin, M.J. / Ikura, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Biochemical and structural characterization of an intramolecular interaction in FOXO3a and its binding with p53.
著者: Wang, F. / Marshall, C.B. / Yamamoto, K. / Li, G.Y. / Plevin, M.J. / You, H. / Mak, T.W. / Ikura, M.
履歴
登録2008年9月2日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Forkhead box protein O3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7061
ポリマ－11,7061
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Forkhead box protein O3 / Forkhead in rhabdomyosarcoma-like 1 / AF6q21 protein


分子量: 11706.142 Da / 分子数: 1 / 断片: Forkheead (FH) domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FOXO3, FKHRL1, FOXO3A / プラスミド: pGEX4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43524

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HN(CA)CB
1313D CBCA(CO)NH
1413D HNCO
1513D C(CO)NH
1613D H(CCO)NH
1713D 1H-15N NOESY
1823D 1H-13C NOESY
1922D 1H-13C HSQC
11023D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
120 mM sodium phosphate, 50 mM potassium chloride, 2 mM DTT, 0.5 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
220 mM sodium phosphate, 50 mM potassium chloride, 2 mM DTT, 0.5 mM sodium azide, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
20 mMsodium phosphate1
50 mMpotassium chloride1
2 mMDTT1
0.5 mMsodium azide1
20 mMsodium phosphate2
50 mMpotassium chloride2
2 mMDTT2
0.5 mMsodium azide2
試料状態イオン強度: 0.08 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian INOVAVarianINOVA5003

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, A.T. et al.精密化
CYANAGuntert, P. et al.データ解析
NMRPipeDelaglio, F. et al.解析
XEASYBartels, C. et al.chemical shift assignment
XEASYBartels, C. et al.peak picking
TALOSCornilescu, G. et al.データ解析
ProcheckNMRLaskowski, R. et al.データ解析
NMRViewJohnson, B. et al.データ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: water refinement 'Aart J. Nederveen, Jurgen F. Doreleijers, Wim Vranken, Zachary Miller, Chris A.E.M. Spronk, Sander B. Nabuurs, Peter Guentert, Miron Livny, John L. Markley, Michael Nilges, ...詳細: water refinement 'Aart J. Nederveen, Jurgen F. Doreleijers, Wim Vranken, Zachary Miller, Chris A.E.M. Spronk, Sander B. Nabuurs, Peter Guentert, Miron Livny, John L. Markley, Michael Nilges, Eldon L. Ulrich, Robert Kaptein and Alexandre M.J.J. Bonvin (2005). RECOORD: a REcalculated COORdinates Database of 500+ proteins from the PDB using restraints from the BioMagResBank. Proteins 59, 662-672.'
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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