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万見
- PDB-2k7m: Structure of the Connexin40 Carboxyl terminal Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k7m
タイトルStructure of the Connexin40 Carboxyl terminal Domain
要素Gap junction alpha-5 protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Protein / Gap Junction / Cell junction / Cell membrane / Membrane / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


renal system process involved in regulation of systemic arterial blood pressure / mitral valve development / pulmonary valve formation / septum primum development / foramen ovale closure / atrial cardiac muscle cell to AV node cell communication by electrical coupling / gap junction channel activity involved in atrial cardiac muscle cell-AV node cell electrical coupling / gap junction channel activity involved in bundle of His cell-Purkinje myocyte electrical coupling / regulation of Purkinje myocyte action potential / regulation of renin secretion into blood stream ...renal system process involved in regulation of systemic arterial blood pressure / mitral valve development / pulmonary valve formation / septum primum development / foramen ovale closure / atrial cardiac muscle cell to AV node cell communication by electrical coupling / gap junction channel activity involved in atrial cardiac muscle cell-AV node cell electrical coupling / gap junction channel activity involved in bundle of His cell-Purkinje myocyte electrical coupling / regulation of Purkinje myocyte action potential / regulation of renin secretion into blood stream / vasomotion / AV node cell to bundle of His cell communication by electrical coupling / cell communication involved in cardiac conduction / gap junction channel activity involved in AV node cell-bundle of His cell electrical coupling / regulation of bundle of His cell action potential / atrial ventricular junction remodeling / positive regulation of cell communication by chemical coupling / Gap junction assembly / bundle of His cell to Purkinje myocyte communication by electrical coupling / regulation of membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / cell communication by chemical coupling / gap junction channel activity involved in cardiac conduction electrical coupling / cell communication by electrical coupling / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane depolarization / SA node cell action potential / AV node cell to bundle of His cell communication / regulation of cell communication by electrical coupling / atrial septum morphogenesis / gap junction hemi-channel activity / regulation of atrial cardiac muscle cell action potential / endothelium development / gap junction assembly / regulation of AV node cell action potential / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / cardiac conduction system development / cardiac conduction / regulation of systemic arterial blood pressure / connexin complex / atrial septum development / gap junction / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / ventricular cardiac muscle cell action potential / gap junction channel activity / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / connexin binding / embryonic heart tube development / embryonic limb morphogenesis / artery morphogenesis / ventricular septum development / ventricular septum morphogenesis / negative regulation of glomerular filtration / blood vessel development / positive regulation of vasoconstriction / regulation of heart rate by cardiac conduction / outflow tract morphogenesis / intercalated disc / regulation of cardiac muscle contraction / negative regulation of blood pressure / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / blood vessel diameter maintenance / skeletal system development / cell projection / potassium ion transport / vasodilation / disordered domain specific binding / cell-cell signaling / heart development / angiogenesis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gap junction alpha-5 protein (Cx40) / Gap junction alpha-5 protein (Cx40), C-terminal / Connexin 40 C-terminal domain / Connexin, C-terminal / Connexin / Connexin, N-terminal / Connexin, conserved site / Gap junction protein, cysteine-rich domain / Connexin, N-terminal domain superfamily / Connexin ...Gap junction alpha-5 protein (Cx40) / Gap junction alpha-5 protein (Cx40), C-terminal / Connexin 40 C-terminal domain / Connexin, C-terminal / Connexin / Connexin, N-terminal / Connexin, conserved site / Gap junction protein, cysteine-rich domain / Connexin, N-terminal domain superfamily / Connexin / Connexins signature 1. / Connexins signature 2. / Connexin homologues / Gap junction channel protein cysteine-rich domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Gap junction alpha-5 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Bouvier, D. / Spagnol, G. / Kieken, F. / Vitrac, H. / Kellezi, A. / Forge, V.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Characterization of the structure and intermolecular interactions between the connexin40 and connexin43 carboxyl-terminal and cytoplasmic loop domains.
著者: Bouvier, D. / Spagnol, G. / Chenavas, S. / Kieken, F. / Vitrac, H. / Brownell, S. / Kellezi, A. / Forge, V. / Sorgen, P.L.
履歴
登録2008年8月14日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gap junction alpha-5 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9591
ポリマ－11,9591
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Gap junction alpha-5 protein / Connexin-40 / Cx40


分子量: 11959.017 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 252-356 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gja5, Cxn-40 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28234

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: Gap Junction Protein Connexin40
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D C(CO)NH
1513D HNCO
1613D HN(CA)CB
1713D HBHA(CO)NH
1813D (H)CCH-TOCSY
1913D 1H-15N TOCSY
11013D 1H-15N NOESY
11113D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 10 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] potassium chloride, 150 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
10 mMpotassium chloride[U-95% 13C; U-95% 15N]1
150 mMsodium chloride1
試料状態イオン強度: 150 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 280 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges構造決定
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientific解析
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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