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- PDB-2k7l: NMR structure of a complex formed by the C-terminal domain of hum... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k7l
タイトルNMR structure of a complex formed by the C-terminal domain of human RAP74 and a phosphorylated peptide from the central domain of the FCP1
要素
  • General transcription factor IIF subunit 1
  • centFCP1-T584PO4 peptide
キーワードTRANSCRIPTION / TFIIF / FCP1 / phosphorylation / CK2 / RAP74 / Nucleus / Phosphoprotein / Polymorphism / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat phosphatase activity / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / Tat protein binding / phosphatase activator activity / TFIIF-class transcription factor complex binding / transcription factor TFIIF complex / positive regulation by host of viral transcription / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / FGFR2 alternative splicing ...RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat phosphatase activity / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / Tat protein binding / phosphatase activator activity / TFIIF-class transcription factor complex binding / transcription factor TFIIF complex / positive regulation by host of viral transcription / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / FGFR2 alternative splicing / Signaling by FGFR2 IIIa TM / exit from mitosis / Viral Messenger RNA Synthesis / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / transcription factor TFIID complex / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / myosin phosphatase activity / mRNA Capping / protein-serine/threonine phosphatase / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / mRNA Splicing - Minor Pathway / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / phosphoprotein phosphatase activity / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / spindle midzone / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / protein dephosphorylation / mRNA Splicing - Major Pathway / negative regulation of protein binding / promoter-specific chromatin binding / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription elongation by RNA polymerase II / response to virus / spindle pole / spindle / cell junction / midbody / protein phosphatase binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase II / protein domain specific binding / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
FCP1-like phosphatase, C-terminal / FCP1, C-terminal / FCP1-like phosphatase, phosphatase domain / CTD phosphatase Fcp1 / FCP1 homology domain / NLI interacting factor-like phosphatase / FCP1 homology domain profile. / catalytic domain of ctd-like phosphatases / Transcription initiation factor IIF, alpha subunit / Transcription initiation factor IIF, alpha subunit (TFIIF-alpha) ...FCP1-like phosphatase, C-terminal / FCP1, C-terminal / FCP1-like phosphatase, phosphatase domain / CTD phosphatase Fcp1 / FCP1 homology domain / NLI interacting factor-like phosphatase / FCP1 homology domain profile. / catalytic domain of ctd-like phosphatases / Transcription initiation factor IIF, alpha subunit / Transcription initiation factor IIF, alpha subunit (TFIIF-alpha) / Transcription Factor IIF, Rap30/Rap74, interaction / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
General transcription factor IIF subunit 1 / RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model type detailsminimized average
データ登録者Yang, A. / Abbott, K.L. / Desjardins, A. / Di Lello, P. / Omichinski, J.G. / Legault, P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: NMR structure of a complex formed by the carboxyl-terminal domain of human RAP74 and a phosphorylated peptide from the central domain of the FCP1 phosphatase
著者: Yang, A. / Abbott, K.L. / Desjardins, A. / Di Lello, P. / Omichinski, J.G. / Legault, P.
履歴
登録2008年8月13日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: centFCP1-T584PO4 peptide
A: General transcription factor IIF subunit 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3052
ポリマ－10,3052
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 21all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質・ペプチド centFCP1-T584PO4 peptide


分子量: 2398.470 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 451 to 517) / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized by the solid-phase method
参照: UniProt: Q9Y5B0*PLUS
#2: タンパク質 General transcription factor IIF subunit 1 / Transcription initiation factor IIF subunit alpha / TFIIF-alpha / Transcription initiation factor ...Transcription initiation factor IIF subunit alpha / TFIIF-alpha / Transcription initiation factor RAP74 / General transcription factor IIF polypeptide 1 74 kDa subunit protein


分子量: 7906.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2F1, RAP74 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Topp2 / 参照: UniProt: P35269

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-15N HSQC
1332D 1H-13C HSQC
1413D HNHA
1523D HN(CA)CB
1623D HNCO
1723D CBCA(CO)NH
1833D (H)CCH-TOCSY
1933D (H)CCH-COSY
11013D 1H-15N NOESY
11123D CCCTOCSY-NHH
11223D HCCTOCSY-NHH
11333D 13C-edited HMQC-NOESY
1143(HB)CB(CGCD)HD ARO
1153(HB)CB(CGCDCE)HE ARO
11632D isotope filtered 1H-1H TOCSY
11732D isotope filtered 1H-1H NOESY
11822D isotope filtered 1H-1H TOCSY
11922D isotope filtered 1H-1H NOESY
12022D 13C F1-filtered, F2-edited NOESY
12133D 15N/13C F1-filtered, F3-edited NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-98% 15N] cterRAP74, 1 mM centFCP1-T584PO4, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] cterRAP74, 1 mM centFCP1-T584PO4, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] cterRAP74, 1 mM centFCP1-T584PO4, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMcterRAP74[U-98% 15N]1
1 mMcentFCP1-T584PO41
1 mMcterRAP74[U-98% 13C; U-98% 15N]2
1 mMcentFCP1-T584PO42
1 mMcterRAP74[U-98% 13C; U-98% 15N]3
1 mMcentFCP1-T584PO43
試料状態イオン強度: 10-40 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian Unity / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.5Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRView5.2.2_01Johnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRView5.2.2_01Johnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRView5.2.2_01Johnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRDraw2.5Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDraw2.5Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 21 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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