PDB-2k7g: Solution Structure of varv F

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2k7g

タイトル

Solution Structure of varv F

要素

Varv peptide F

キーワード

PLANT PROTEIN / cyclotide / cystine knot / Knottin / Plant defense

機能・相同性

Cyclotide, moebius, conserved site / Cyclotides Moebius subfamily signature. / Cyclotides profile. / Cyclotide / Cyclotide superfamily / Cyclotide family / defense response / Varv peptide F

機能・相同性情報

生物種

Viola arvensis (植物)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Wang, C.K.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Combined X-ray and NMR analysis of the stability of the cyclotide cystine knot fold that underpins its insecticidal activity and potential use as a drug scaffold
著者: Wang, C.K. / Hu, S.-H. / Martin, J.L. / Sjogren, T. / Hajdu, J. / Bohlin, L. / Claeson, P. / Goransson, U. / Rosengren, K.J. / Tang, J. / Tan, N.-H. / Craik, D.J.

履歴

登録	2008年8月10日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2k7g.cif.gz	151.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2k7g.ent.gz	94 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2k7g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/2k7g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/2k7g	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3e4hC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1k48-d 1pt4-d 2jue-d 1nb1-d 2lam-d 4tto-2 6dhr-d 2jwm-d 4ttm-2 1znu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Varv peptide F

2.98 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	20 structures for lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Varv peptide F 分子量: 2984.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Viola arvensis (植物) / 参照: UniProt: P58451
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 溶液NMR
NMR実験	タイプ: NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 0.4mM protein, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 0.4 mM / 構成要素: protein
試料状態	イオン強度: 0 / pH: 6 / 圧: 0 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	500	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	2
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	750	3

-
解析

NMR software	名称: CNS / 開発者: Brunger A. T. et.al. / 分類: 精密化
精密化	手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: refinement in a water box
代表構造	選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: 20 structures for lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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