+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3e4h | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the cyclotide varv F | ||||||
要素 | Varv peptide F,Varv peptide F | ||||||
キーワード | PLANT PROTEIN (植物) / cyclotide (シクロチド) / circular proteins / cystine knot (シスチンノット) / cyclization (環式化合物) / Knottin / Plant defense | ||||||
機能・相同性 | Cyclotide, moebius, conserved site / Cyclotides Moebius subfamily signature. / Cyclotides profile. / シクロチド / Cyclotide superfamily / Cyclotide family / defense response / Varv peptide F 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Viola arvensis (植物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Hu, S.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009 タイトル: Combined X-ray and NMR Analysis of the Stability of the Cyclotide Cystine Knot Fold That Underpins Its Insecticidal Activity and Potential Use as a Drug Scaffold 著者: Wang, C.K. / Hu, S.H. / Martin, J.L. / Hajdu, J. / Bohlin, L. / Claeson, P. / Rosengren, K.J. / Tang, J. / Tan, N.H. / Craik, D.J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3e4h.cif.gz | 16.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3e4h.ent.gz | 10.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3e4h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/3e4h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/3e4h | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
2 |
| x 6|||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2984.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Viola arvensis (植物) / 参照: UniProt: P58451 |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.36 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 2.0M MgCl2, 0.1M bicine, pH9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.052 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月6日 / 詳細: Osmic Max-Flux optics |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.052 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 4978 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 35.8 % / Biso Wilson estimate: 14.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 35.6 % / Rmerge(I) obs: 0.252 / Mean I/σ(I) obs: 8.9 / Num. unique all: 479 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1NB1 解像度: 1.8→30 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.015
|