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万見
- PDB-2k6d: CIN85 Sh3-C domain in complex with ubiquitin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k6d
タイトルCIN85 Sh3-C domain in complex with ubiquitin
要素
  • SH3 domain-containing kinase-binding protein 1
  • Ubiquitin
キーワードSH3 DOMAIN/UBIQUITIN / CIN85 / SH3 domain / ubiquitin / Alternative splicing / Apoptosis / Cell junction / Coiled coil / Cytoplasm / Cytoplasmic vesicle / Cytoskeleton / Endocytosis / Membrane / Phosphoprotein / Polymorphism / SH3-binding / Synapse / Synaptosome / Ubl conjugation / Nucleus / SH3 DOMAIN-UBIQUITIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / protein modification process => GO:0036211 / Reelin signalling pathway / positive regulation of B cell activation / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / endocytic vesicle ...: / : / protein modification process => GO:0036211 / Reelin signalling pathway / positive regulation of B cell activation / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / endocytic vesicle / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Maturation of protein E / Maturation of protein E / cytoskeleton organization / cytosolic ribosome / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Negative regulation of FLT3 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Regulation of FZD by ubiquitination / Downregulation of ERBB4 signaling / p75NTR recruits signalling complexes / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / cytoplasmic vesicle membrane / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Regulation of pyruvate metabolism / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / NF-kB is activated and signals survival / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Pexophagy / NRIF signals cell death from the nucleus / Regulation of PTEN localization / VLDLR internalisation and degradation / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Regulation of BACH1 activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Translesion synthesis by REV1 / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Translesion synthesis by POLK / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Josephin domain DUBs / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / actin filament organization / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / Translesion synthesis by POLI / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / GABA-ergic synapse / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / TCF dependent signaling in response to WNT / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Regulation of NF-kappa B signaling / Asymmetric localization of PCP proteins / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Regulation of signaling by CBL / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Vpu mediated degradation of CD4 / Assembly of the pre-replicative complex / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Degradation of DVL
類似検索 - 分子機能
SH3 domain-containing kinase-binding protein 1, first SH3 domain / SH3 domain-containing kinase-binding protein 1, second SH3 domain / SH3 domain-containing kinase-binding protein 1, third SH3 domain / : / Variant SH3 domain / SH3 Domains / Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily ...SH3 domain-containing kinase-binding protein 1, first SH3 domain / SH3 domain-containing kinase-binding protein 1, second SH3 domain / SH3 domain-containing kinase-binding protein 1, third SH3 domain / : / Variant SH3 domain / SH3 Domains / Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / : / SH3-like domain superfamily / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Roll / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyubiquitin-C / Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 / SH3 domain-containing kinase-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Forman-Kay, J. / Bezsonova, I.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Interactions between the three CIN85 SH3 domains and ubiquitin: implications for CIN85 ubiquitination.
著者: Bezsonova, I. / Bruce, M.C. / Wiesner, S. / Lin, H. / Rotin, D. / Forman-Kay, J.D.
履歴
登録2008年7月7日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年7月4日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: pdbx_nmr_sample_details / pdbx_struct_assembly ...pdbx_nmr_sample_details / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _pdbx_nmr_sample_details.contents
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SH3 domain-containing kinase-binding protein 1
B: Ubiquitin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7742
ポリマ－15,7742
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)8 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 SH3 domain-containing kinase-binding protein 1 / Cbl-interacting protein of 85 kDa / Human Src family kinase-binding protein 1 / HSB-1 / CD2-binding ...Cbl-interacting protein of 85 kDa / Human Src family kinase-binding protein 1 / HSB-1 / CD2-binding protein 3 / CD2BP3


分子量: 7151.092 Da / 分子数: 1 / 断片: CIN85 SH3-C domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SH3KBP1, CIN85 / プラスミド: pET28-b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96B97
#2: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 8622.922 Da / 分子数: 1 / 断片: ubiquitin / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS27A, UBA80, UBCEP1, UBA52, UBCEP2, UBB, UBC / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62988, UniProt: P0CG48*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1212D 1H-15N HSQC
1333D HN(CA)CB
142IPAP
151IPAP

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.1 mM CIN85, 0.1 mM [U-100% 15N] ubiquitin, 50 mM sodium phosphate, 2 mM DTT, 5 mM DSS, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.1 mM [U-100% 15N] CIN85, 0.1 mM ubiquitiny, 50 mM sodium phosphate, 2 mM DTT, 5 mM DSS, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CIN85, 50 mM sodium phosphate, 2 mM DTT, 5 mM DSS, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.1 mMCIN851
0.1 mMubiquitin[U-100% 15N]1
50 mMsodium phosphate1
2 mMDTT1
5 mMDSS1
150 mMsodium chloride1
0.1 mMCIN85[U-100% 15N]2
0.1 mMubiquitiny2
50 mMsodium phosphate2
2 mMDTT2
5 mMDSS2
150 mMsodium chloride2
1.0 mMCIN85[U-100% 13C; U-100% 15N]3
50 mMsodium phosphate3
2 mMDTT3
5 mMDSS3
150 mMsodium chloride3
試料状態イオン強度: 0.15 / pH: 6.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
HADDOCKCyril Dominguez, Rolf Boelens and Alexandre M.J.J. Bonvin構造決定
HADDOCKCyril Dominguez, Rolf Boelens and Alexandre M.J.J. Bonvin精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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